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vink

木虫 (著名写手)

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[交流] 求问Pi-Pi堆积作用的确认描述

Cg(I) Res(I) Cg(J)  [ ARU(J)]    Cg-Cg    Alpha  Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp  Slippage

Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  1455.01] 5.235(5) 11.5(4) 59.86 57.86 2.784(2) -2.628(3)
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  1555.01] 4.790(5) 11.5(4) 42.59 54.04 -2.813(2) 3.527(3)
Cg(1)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 4.347(4)    1.5(3) 39.55 38.20 -3.417(2) -3.353(2)
Cg(1)  [ 1] -> Cg(8)  [  2676.02] 5.975(5) 80.5(3) 40.68 76.73 1.371(2) -4.531(3)
Cg(1)  [ 1] -> Cg(10) [  2766.02] 5.862(5) 70.0(3) 28.94 88.38 0.165(2) 5.130(2)
Cg(2)  [ 1] -> Cg(3)  [  1555.01] 3.289(5)    3.7(4)  1.69  1.99 -3.287(3) 3.288(3)
Cg(2)  [ 1] -> Cg(8)  [  1554.02] 5.723(5)    86.5(4) 58.02 80.13 -0.982(3) -3.031(3)
Cg(2)  [ 1] -> Cg(8)  [  2676.02] 4.820(5) 86.5(4)  6.71 82.95 -0.593(3) -4.788(3)
Cg(2)  [ 1] -> Cg(9)  [  2676.02] 5.542(5) 88.2(4) 33.25 58.98 2.856(3) -4.635(3)
Cg(3)  [ 1] -> Cg(1)  [  1555.01] 4.790(5)    11.5(4) 54.04 42.59 3.526(3) -2.813(2)
Cg(3)  [ 1] -> Cg(1)  [  1655.01] 5.235(5)    11.5(4) 57.86 59.86 -2.629(3) 2.785(2)
Cg(3)  [ 1] -> Cg(2)  [  1555.01] 3.289(5)    3.7(4)  1.99  1.69 3.287(3) -3.287(3)
Cg(3)  [ 1] -> Cg(7)  [  2766.02] 5.501(5) 79.7(4) 51.15 60.78 -2.686(3) 3.451(2)
Cg(3)  [ 1] -> Cg(9)  [  2766.02] 5.153(6) 89.1(5)  6.41 88.78 -0.110(3) 5.121(3)
Cg(4)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 3.501(4)    2.1(3) 12.56 12.23 -3.422(2) -3.417(2)
Cg(4)  [ 1] -> Cg(5)  [  2766.01] 5.644(5)    2.1(3) 59.67 61.42 2.700(2) 2.850(2)
Cg(4)  [ 1] -> Cg(10) [  2766.02] 5.140(4) 68.1(2) 11.30 77.11 1.147(2) 5.040(2)
Cg(4)  [ 1] -> Cg(11) [  1545.02] 5.889(5)    71.0(3) 45.81 64.12 2.570(2) 4.105(2)
Cg(5)  [ 1] -> Cg(1)  [  2666.01] 4.348(4)    1.5(3) 38.20 39.55 -3.353(2) -3.417(2)
Cg(5)  [ 1] -> Cg(4)  [  2666.01] 3.502(4)    2.1(3) 12.23 12.56 -3.417(2) -3.422(2)
Cg(5)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 4.907(4)       0 45.89 45.89 -3.417(2) -3.416(2) 3.523
Cg(5)  [ 1] -> Cg(7)  [  1545.02] 5.440(5)    72.4(3) 54.36 64.63 2.331(2) 3.170(2)
Cg(5)  [ 1] -> Cg(10) [  1545.02] 5.719(5)    70.1(3) 43.44 67.27 2.209(2) 4.152(2)
Cg(5)  [ 1] -> Cg(11) [  2766.02] 5.025(4) 73.0(3)  8.71 78.40 1.011(2) 4.967(2)

求问Pi-Pi堆积作用的确认描述
诸位大侠，本人有一结构Platon算出Pi-Pi堆积作用如上，但不知道如何确认哪些是Pi-Pi堆积，陈晓明单晶结构解析上说
距离在3.3-3.7A,是不是指两个芳香环的中心距离Cg-Cg？而且2个平面并不平行，如Cg4-Cg5 alpha=2.1，CgI_Perp也与
CgJ_Perp不相等，这属于Pi-Pi堆积作用么？如何在cif中描述，最好给个例子。请诸位大虫帮助，谢谢。

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1楼 2008-11-12 16:58:28

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级数收敛

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
waiy2001(金币+2,VIP+0):牛,呵呵,常来解答吧
vink(金币+5,VIP+0):xiexie xue xi le

芳环堆积讨论最多的一种情况是两个芳环平行或者几乎平行且重叠
----+----    （芳环甲）
            面面距离 < 每个环的范德华半厚之和 --->可以认为有芳环堆积作用
   ----+---- （芳环乙）
这个面面距离越小则作用越强烈，当然，重叠面积也需要考虑。
上图显示的是常见的一种面面平行堆积，重叠面积大约是六圆环面积的1/6，此时一个环的中心位于另一个环的边缘。

其他垂直的堆积一般称为 C---H...pi 作用

Cg(I) Res(I) Cg(J)  [ ARU(J)]    Cg-Cg    Alpha  Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp  Slippage

Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  1455.01] 5.235(5) 11.5(4) 59.86 57.86 2.784(2) -2.628(3)
无重叠
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  1555.01] 4.790(5) 11.5(4) 42.59 54.04 -2.813(2) 3.527(3)
无重叠
Cg(1)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 4.347(4)    1.5(3) 39.55 38.20 -3.417(2) -3.353(2)
重叠面积很小

Cg(2)  [ 1] -> Cg(3)  [  1555.01] 3.289(5)    3.7(4)  1.69  1.99 -3.287(3) 3.288(3)
可能有强烈几乎完全重叠的芳环堆积

Cg(3)  [ 1] -> Cg(1)  [  1555.01] 4.790(5)    11.5(4) 54.04 42.59 3.526(3) -2.813(2)
几乎无重叠
Cg(3)  [ 1] -> Cg(1)  [  1655.01] 5.235(5)    11.5(4) 57.86 59.86 -2.629(3) 2.785(2)
无重叠
Cg(3)  [ 1] -> Cg(2)  [  1555.01] 3.289(5)    3.7(4)  1.99  1.69 3.287(3) -3.287(3)
可能有强烈几乎完全重叠的芳环堆积

Cg(4)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 3.501(4)    2.1(3) 12.56 12.23 -3.422(2) -3.417(2)
可能有部分重叠的芳环堆积
Cg(4)  [ 1] -> Cg(5)  [  2766.01] 5.644(5)    2.1(3) 59.67 61.42 2.700(2) 2.850(2)
无重叠
Cg(4)  [ 1] -> Cg(10) [  2766.02] 5.140(4) 68.1(2) 11.30 77.11 1.147(2) 5.040(2)
无重叠
Cg(4)  [ 1] -> Cg(11) [  1545.02] 5.889(5)    71.0(3) 45.81 64.12 2.570(2) 4.105(2)
无重叠
Cg(5)  [ 1] -> Cg(1)  [  2666.01] 4.348(4)    1.5(3) 38.20 39.55 -3.353(2) -3.417(2)
无重叠
Cg(5)  [ 1] -> Cg(4)  [  2666.01] 3.502(4)    2.1(3) 12.23 12.56 -3.417(2) -3.422(2)
可能有部分重叠的芳环堆积
Cg(5)  [ 1] -> Cg(5)  [  2666.01] 4.907(4)       0 45.89 45.89 -3.417(2) -3.416(2) 3.523
无重叠

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2楼2008-11-13 14:48:02

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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

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还是楼上的牛跟帖学习~

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3楼2008-11-13 15:07:47

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梅西多纳

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C---H...pi 作用可以写入cif文件中吗？怎样写，关注中……

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4楼2008-11-13 15:16:37

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wwt1806

木虫 (正式写手)

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问牛人

请问哪些参数代表什么意思？

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鲲鹏展翅行千里，他日无风假何物？

5楼2008-11-13 17:31:31

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级数收敛

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★
warlen(金币+1,VIP+0):3Q，欢迎常来晶体！

- Cg(I) = Plane number I (= ring number in () above)
- Alpha = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg)
- Beta = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I (Deg)
- Gamma = Angle Cg(I)-->Cg(J) vector and normal to plane J (Deg)
- Cg-Cg = Distance between ring Centroids (Ang.)
- CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.)
- CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.)
- Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang).
- P,Q,R,S = J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo)

引用回帖:

Originally posted by wwt1806 at 2008-11-13 17:31:
请问哪些参数代表什么意思？

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6楼2008-11-14 11:37:35

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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

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引用回帖:

Originally posted by 级数收敛 at 2008-11-14 11:37:
- Cg(I) = Plane number I (= ring number in () above)
- Alpha = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg)
- Beta = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I ...

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7楼2008-11-14 14:29:29

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