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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 序列方向
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

[求助] 序列方向 已有1人参与

各位大神，求助
16s的拼接序列用哪个软件检查是正向还是反向，我之前用一个叫orientation checker的软件，但换了Windows 10后安装不上了。
不知道还有别的什么软件可以查看序列的方向？
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1楼 2016-07-23 20:38:48
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jingyi_180

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-24 11:55:48
使用在线blastn比对，根据结果就可以知道正反向。另外，找一条已知方向的序列做参比，用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对，根据结果也可以知道你的序列的正反向。

问题就是我不知道什么样的比对结果是正向？什么样的比对结果是反向？
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3楼2016-07-24 18:34:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingyi_180: 金币+5, ★有帮助 2016-07-24 18:33:38
使用在线blastn比对，根据结果就可以知道正反向。另外，找一条已知方向的序列做参比，用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对，根据结果也可以知道你的序列的正反向。
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2楼2016-07-24 11:55:48
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jingyi_180

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-24 11:55:48
使用在线blastn比对，根据结果就可以知道正反向。另外，找一条已知方向的序列做参比，用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对，根据结果也可以知道你的序列的正反向。

刚刚试了一下，知道了。但是如果序列多的话，怎么处理？一条条比对，太费时了。。。
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4楼2016-07-24 19:02:41
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jingyi_180 at 2016-07-24 19:02:41
刚刚试了一下，知道了。但是如果序列多的话，怎么处理？一条条比对，太费时了。。。...

或者可以用序列搜索的方法，16s序列较保守，在正向链里选一段6-8碱基的片段，在你序列里搜索，能搜到的都为正向，再用6-8碱基的反向互补序列搜，能搜到的为反向序列。这种方法用写字板、notepad++等都能实现。
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6楼2016-07-25 11:43:50
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