24小时热门版块排行榜

返回列表

jingyi_180

银虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 554.9
散金: 51
红花: 5
帖子: 329
在线: 170.4小时
虫号: 1097503
注册: 2010-09-13
性别: MM
专业: 环境微生物学

[求助] 序列方向已有1人参与

各位大神，求助
16s的拼接序列用哪个软件检查是正向还是反向，我之前用一个叫orientation checker的软件，但换了Windows 10后安装不上了。
不知道还有别的什么软件可以查看序列的方向？

回复此楼

» 猜你喜欢

生物质超级电容器已经有0人回复
ALK5 高选择性小分子 LY-3200882：可放大合成路线与质控要点解析已经有0人回复
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有284人回复
AM630（CAS 164178-33-0）：CB2 选择性配体的实验使用与供应要点已经有0人回复
ADC标杆分子T-DM1全解析：从结构设计到实验室应用的技术要点已经有0人回复
HILIC磁珠研究蛋白组学怎么做？已经有0人回复
His标签蛋白纯化怎么才能快？已经有0人回复
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析已经有0人回复
KRAS G12V(ON) 选择性抑制剂 RMC-5127：从三元复合物机制到科研应用已经有0人回复
SHP2 变构抑制剂 Sitneprotafib：从作用机制到科研试剂选型要点已经有0人回复
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用已经有0人回复

1楼 2016-07-23 20:38:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

MolEPI: 2
应助: 682 (博士)
金币: 6507
散金: 2025
红花: 95
帖子: 1559
在线: 801.6小时
虫号: 1427240
注册: 2011-10-04
性别: GG
专业: 植物生理与生化

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingyi_180: 金币+5, ★有帮助 2016-07-24 18:33:38

使用在线blastn比对，根据结果就可以知道正反向。另外，找一条已知方向的序列做参比，用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对，根据结果也可以知道你的序列的正反向。

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2016-07-24 11:55:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jingyi_180

银虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 554.9
散金: 51
红花: 5
帖子: 329
在线: 170.4小时
虫号: 1097503
注册: 2010-09-13
性别: MM
专业: 环境微生物学

引用回帖:

2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-24 11:55:48
使用在线blastn比对，根据结果就可以知道正反向。另外，找一条已知方向的序列做参比，用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对，根据结果也可以知道你的序列的正反向。

问题就是我不知道什么样的比对结果是正向？什么样的比对结果是反向？

赞一下

回复此楼

3楼2016-07-24 18:34:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖