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jingyi_180

银虫 (正式写手)

[求助] 序列方向 已有1人参与

各位大神,求助
16s的拼接序列用哪个软件检查是正向还是反向,我之前用一个叫orientation checker的软件,但换了Windows 10后安装不上了。
不知道还有别的什么软件可以查看序列的方向?
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jingyi_180: 金币+5, 有帮助 2016-07-24 18:33:38
使用在线blastn比对,根据结果就可以知道正反向。另外,找一条已知方向的序列做参比,用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对,根据结果也可以知道你的序列的正反向。
2楼2016-07-24 11:55:48
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-24 11:55:48
使用在线blastn比对,根据结果就可以知道正反向。另外,找一条已知方向的序列做参比,用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对,根据结果也可以知道你的序列的正反向。

问题就是我不知道什么样的比对结果是正向?什么样的比对结果是反向?
3楼2016-07-24 18:34:14
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-24 11:55:48
使用在线blastn比对,根据结果就可以知道正反向。另外,找一条已知方向的序列做参比,用本地软件DNAMAN、DNAstar等做双序列比对,根据结果也可以知道你的序列的正反向。

刚刚试了一下,知道了。但是如果序列多的话,怎么处理?一条条比对,太费时了。。。
4楼2016-07-24 19:02:41
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yaohuaibing

铁杆木虫 (著名写手)

DNAstar 就可以
每天都在读书和读人。书易懂,人难解。
5楼2016-07-24 22:05:22
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jingyi_180 at 2016-07-24 19:02:41
刚刚试了一下,知道了。但是如果序列多的话,怎么处理?一条条比对,太费时了。。。...

或者可以用序列搜索的方法,16s序列较保守,在正向链里选一段6-8碱基的片段,在你序列里搜索,能搜到的都为正向,再用6-8碱基的反向互补序列搜,能搜到的为反向序列。这种方法用写字板、notepad++等都能实现。
6楼2016-07-25 11:43:50
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

7楼2016-07-25 17:30:42
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