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gxsulong至尊木虫 (著名写手)
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怎样找出蛋白质的三维结构图!
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| 我现在知道一个基因的氨基酸序列,怎样找出其三维结构图,最好能和与其氨基酸序列同源性高的三维结构图一起比较。谢谢! |
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gxsulong
至尊木虫 (著名写手)
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4楼2008-11-12 10:24:15
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同源建模的步骤
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lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢提供帮助~~
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从待测蛋白质序列出发,搜索蛋白质结构数据库(如PDB,SWISS-PROT等), 得到许多相似序列(同源序列),选定其中一个(或几个)作为待测蛋白质序列的模板; 待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对,插入各种可能的空位使两者的保守位置尽量对齐; 建模:调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置,产生与模板相同或相似的空间结构——待测蛋白质空间结构模型; 利用能量最小化原理,使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。 最后,程序提供给用户的是经过如上四步(或重复其中某几步)后得到的蛋白质三级结构。 |
3楼2008-11-11 22:49:23














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