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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

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专业: 微生物学

[交流] 怎样找出蛋白质的三维结构图！

我现在知道一个基因的氨基酸序列，怎样找出其三维结构图，最好能和与其氨基酸序列同源性高的三维结构图一起比较。谢谢！

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霉菌

1楼 2008-11-11 21:45:55

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

chengq

银虫 (小有名气)

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虫号: 477259
注册: 2007-12-13
性别: GG
专业: 遗传学研究新技术与方法

同源建模的步骤

★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢提供帮助~~

从待测蛋白质序列出发，搜索蛋白质结构数据库（如PDB,SWISS-PROT等），得到许多相似序列（同源序列），选定其中一个（或几个）作为待测蛋白质序列的模板；
待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对，插入各种可能的空位使两者的保守位置尽量对齐；
建模：调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置，产生与模板相同或相似的空间结构——待测蛋白质空间结构模型；
利用能量最小化原理，使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。
最后，程序提供给用户的是经过如上四步（或重复其中某几步）后得到的蛋白质三级结构。