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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何评价引物的特异性？
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大东红日

木虫 (正式写手)

[求助] 如何评价引物的特异性？ 已有1人参与

已经使用oligo进行打分，筛选出的引物并不能肯定是针对特定基因扩增，然后用primer－blast分析引物，跑出的结果并没有我想要的物种，请问该如何确定手上的引物特异性好？
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1楼 2016-07-19 22:10:39
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大东红日

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-20 19:09:01
确定NCBI数据库里有硅藻的该序列吗？如果有，应该是能匹配上的。...

有，但是只有一些基因片段，照道理文献中的引物扩增的目的基因片段应该可以在ncbi通过blast找到啊，但是我通过blast找到的虽然是藻类，但是不是硅藻类，听师兄说如果不能确定一对引物的特异性的优点，盲目去做实验，检验一对要花近两个月的时间。所以我现在想知道该怎么确定引物对我的目标藻类的特异性如何
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7楼2016-07-20 21:15:36
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jerry0571

新虫 (初入文坛)
样品很杂，里面含有多个物种?

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2楼2016-07-20 05:37:12
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jerry0571

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-20 06:43:08
我觉得如果样品中含有近似物种，可以先比对下目的基因序列，选择物种间有差异的序列设计引物

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3楼2016-07-20 05:41:38
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jerry0571

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-20 06:43:20
另外可以在Pubmed里primer blast检测时取消背景基因组的限制，看看可能被扩增的序列

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4楼2016-07-20 05:47:35
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