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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 分析细菌基因组时比较不同基因组之间差异的venn图怎么画 已有1人参与

如题，细菌基因组基因组大、数量多，在比较不同基因组之间基因的差异（基因的数目）时用的venn图是怎么画出来的？是一定要用R语言么，有没有快速的方法将两个基因组之间相同和不同的基因显示出来？求大神解答！
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1楼 2016-07-18 22:21:14
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, ★有帮助 2016-07-19 15:20:19
首先你得获取每个基因组的特性性基因，然后直接用PPT来画就可以了，一般画十几个菌株都不成问题！
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https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2016-07-18 22:57:51
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-18 22:57:51
首先你得获取每个基因组的特性性基因，然后直接用PPT来画就可以了，一般画十几个菌株都不成问题！

细菌基因组大，基因数量又多，要获取每个基因组特性基因，工作量岂不是非常大？
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3楼2016-07-19 15:21:55
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2016-07-19 15:21:55
细菌基因组大，基因数量又多，要获取每个基因组特性基因，工作量岂不是非常大？...

获取每个基因组的特性性基因是必须的过程，你的基因组数量有多少？如果太多的话，可以考虑用本地blastp做双向比对来完成。    维恩图只是用来展示你的结果！
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https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2016-07-20 10:24:12
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-20 10:24:12
获取每个基因组的特性性基因是必须的过程，你的基因组数量有多少？如果太多的话，可以考虑用本地blastp做双向比对来完成。    维恩图只是用来展示你的结果！...

哦哦，这样啊，谢谢了啊
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5楼2016-07-20 15:06:13
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田家四姑娘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangying0923 at 2016-07-20 15:06:13
哦哦，这样啊，谢谢了啊...

你好，我也想做同样的问题，但是不知道该怎么做，能告诉我吗
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6楼2017-01-03 17:36:50
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田家四姑娘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-18 22:57:51
首先你得获取每个基因组的特性性基因，然后直接用PPT来画就可以了，一般画十几个菌株都不成问题！

你好，能教一下我怎么做吗
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7楼2017-01-03 17:39:45
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 田家四姑娘 at 2017-01-03 17:39:45
你好，能教一下我怎么做吗...

你如果不会Linux的话，可以直接下载一个mauve软件（http://darlinglab.org/mauve/mauve.html），这个软件可以
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https://www.microbialgenomic.cn/
8楼2017-01-04 14:53:13
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