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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 分析细菌基因组时比较不同基因组之间差异的venn图怎么画 已有1人参与

如题,细菌基因组基因组大、数量多,在比较不同基因组之间基因的差异(基因的数目)时用的venn图是怎么画出来的?是一定要用R语言么,有没有快速的方法将两个基因组之间相同和不同的基因显示出来?求大神解答!
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, 有帮助 2016-07-19 15:20:19
首先你得获取每个基因组的特性性基因,然后直接用PPT来画就可以了,一般画十几个菌株都不成问题!
https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2016-07-18 22:57:51
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-18 22:57:51
首先你得获取每个基因组的特性性基因,然后直接用PPT来画就可以了,一般画十几个菌株都不成问题!

细菌基因组大,基因数量又多,要获取每个基因组特性基因,工作量岂不是非常大?
3楼2016-07-19 15:21:55
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2016-07-19 15:21:55
细菌基因组大,基因数量又多,要获取每个基因组特性基因,工作量岂不是非常大?...

获取每个基因组的特性性基因是必须的过程,你的基因组数量有多少?如果太多的话,可以考虑用本地blastp做双向比对来完成。    维恩图只是用来展示你的结果!
https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2016-07-20 10:24:12
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-20 10:24:12
获取每个基因组的特性性基因是必须的过程,你的基因组数量有多少?如果太多的话,可以考虑用本地blastp做双向比对来完成。    维恩图只是用来展示你的结果!...

哦哦,这样啊,谢谢了啊
5楼2016-07-20 15:06:13
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田家四姑娘

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wangying0923 at 2016-07-20 15:06:13
哦哦,这样啊,谢谢了啊...

你好,我也想做同样的问题,但是不知道该怎么做,能告诉我吗
6楼2017-01-03 17:36:50
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田家四姑娘

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-18 22:57:51
首先你得获取每个基因组的特性性基因,然后直接用PPT来画就可以了,一般画十几个菌株都不成问题!

你好,能教一下我怎么做吗
7楼2017-01-03 17:39:45
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 田家四姑娘 at 2017-01-03 17:39:45
你好,能教一下我怎么做吗...

你如果不会Linux的话,可以直接下载一个mauve软件(http://darlinglab.org/mauve/mauve.html),这个软件可以
https://www.microbialgenomic.cn/
8楼2017-01-04 14:53:13
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