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pigrass专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
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[交流]
[更新JASON DeJoannis的代码]perl语言在分子模拟中的应用已有6人参与
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以前有人问到关于模拟聚合交联的问题 大多数文章里只是给出编程思路，大致是判断活性原子的距离，生成化学键，并没有给出具体的编程语言 例如： Chemical Crosslinking of PVA and Prediction of Material Properties by Means of Fully Atomistic MD Simulations DOI: 10.1002/mats.200800099 今天找到一篇关于perl语言应用的文献 Scripting approach in hybrid organic-inorganic condensation simulation: the GPTMS proof-of-concept 里面提到一些语句的用法，有兴趣的可以参考下 create成键，push atomdelete删除原子，等等……  我还没读懂来源 https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00515044/document 其实相关的代码在MS软件的help里都有，在MaterialsScript API下 //2016.7.15更新 楼下有提到MS官方论坛的JASON DeJoannis， 我去找了一下，把相关的信息也贴出来吧，有兴趣的可以参考下 userguide里提到适用于epoxy cross-linking[ Last edited by pigrass on 2016-7-15 at 09:20 ] |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Scripting_approach_in_hybrid_organic-inorganic_condensation_simulation_the_GPTMS_proof-of-concept.pdf
- 附件 2 : Jason_DeJoannis.zip
2016-07-13 13:26:24, 2.49 M
2016-07-15 09:15:26, 4.92 M
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9楼2016-10-31 21:22:23
biancheng159
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嘿，很高兴看到pigrass前辈讨论到这话题。 perl的问题不说了，help中确实很全。 有个入门视频(创腾的很多视频都tudou里，想必很多人不知道吧  )http://www.tudou.com/programs/view/0G2dGFeSviE/ 其实国外做crosslink的人还蛮多，我也想做来着，无奈编程基础太差，有心无力。 贡献一点平时收集的资料—— 凑热闹的商业集成软件MAPS和MedeA均已集成了crosslink功能 http://scienomics.com/products/cross-link-builder http://www.tri-ibiotech.com.cn/medea/product_31.html http://wenku.baidu.com/link?url= ... _-i1E_stiMNFbh0ykYS Molecular Dynamics Studio (前几天刚更新过哦，含修正过的msi2lmp和packmol, 看readme说是可实现crosslink，未试过) http://sourceforge.net/projects/moleculardynami/files/ http://moleculardynamicsstudio.b ... -part-i-static.html http://moleculardynamicsstudio.b ... art-ii-dynamic.html (他这个博客在我这里后来打不开了，不知为何) lammps maillist中关于实现crosslink的讨论 http://lammps.sandia.gov/threads/msg34578.html 缘起于Masao Doi的OCTA的、默默发展的J-OCTA http://www.j-octa.com/case/201302_01/index.html 日语命名好奇妙 ‘架橋フェノール樹脂’  抛砖引玉，不胜枚举，也望其他同行分享些资源看看？ |
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2楼2016-07-13 16:57:30
pigrass
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