| 查看: 4073 | 回复: 9 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
pigrass专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
|
[交流]
[更新JASON DeJoannis的代码]perl语言在分子模拟中的应用 已有6人参与
|
||||||
|
以前有人问到关于模拟聚合交联的问题 大多数文章里只是给出编程思路，大致是判断活性原子的距离，生成化学键，并没有给出具体的编程语言 例如： Chemical Crosslinking of PVA and Prediction of Material Properties by Means of Fully Atomistic MD Simulations DOI: 10.1002/mats.200800099 今天找到一篇关于perl语言应用的文献 Scripting approach in hybrid organic-inorganic condensation simulation: the GPTMS proof-of-concept 里面提到一些语句的用法，有兴趣的可以参考下 create成键，push atomdelete删除原子，等等……  我还没读懂来源 https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00515044/document 其实相关的代码在MS软件的help里都有，在MaterialsScript API下 //2016.7.15更新 楼下有提到MS官方论坛的JASON DeJoannis， 我去找了一下，把相关的信息也贴出来吧，有兴趣的可以参考下 userguide里提到适用于epoxy cross-linking[ Last edited by pigrass on 2016-7-15 at 09:20 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Scripting_approach_in_hybrid_organic-inorganic_condensation_simulation_the_GPTMS_proof-of-concept.pdf
- 附件 2 : Jason_DeJoannis.zip
2016-07-13 13:26:24, 2.49 M
2016-07-15 09:15:26, 4.92 M
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Materials Studio专用 | 淘来的。。。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
考博求助
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有9人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 华大基因招聘职位
已经有1人回复
- 我想买一台服务器/工作站用于生物信息数据分析的，请帮忙推荐一下吧？
已经有1人回复
- 我想买一台服务器/工作站用于数据分析的，请帮忙推荐一下吧？
已经有7人回复
- 【北京国企重点实验室招聘】生物信息、药设、技术推广相关人才--急聘！！待遇优厚！！
已经有192人回复
- 天演药业（苏州）有限公司招聘 计算科学副研究员/计算机辅助药物设计研究员
已经有6人回复
- 天演药业（苏州）有限公司--招聘 计算科学副研究员/计算辅助药物设计研发员
已经有0人回复
蛮牛
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 26080.2
- 散金: 7
- 红花: 4
- 帖子: 4159
- 在线: 181.5小时
- 虫号: 3046315
- 注册: 2014-03-13
- 专业: 工程热物理与能源利用
10楼2020-01-10 15:06:23
biancheng159
铜虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6166.3
- 散金: 31
- 红花: 4
- 帖子: 849
- 在线: 500.8小时
- 虫号: 1691619
- 注册: 2012-03-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵 |
嘿，很高兴看到pigrass前辈讨论到这话题。 perl的问题不说了，help中确实很全。 有个入门视频(创腾的很多视频都tudou里，想必很多人不知道吧  )http://www.tudou.com/programs/view/0G2dGFeSviE/ 其实国外做crosslink的人还蛮多，我也想做来着，无奈编程基础太差，有心无力。 贡献一点平时收集的资料—— 凑热闹的商业集成软件MAPS和MedeA均已集成了crosslink功能 http://scienomics.com/products/cross-link-builder http://www.tri-ibiotech.com.cn/medea/product_31.html http://wenku.baidu.com/link?url= ... _-i1E_stiMNFbh0ykYS Molecular Dynamics Studio (前几天刚更新过哦，含修正过的msi2lmp和packmol, 看readme说是可实现crosslink，未试过) http://sourceforge.net/projects/moleculardynami/files/ http://moleculardynamicsstudio.b ... -part-i-static.html http://moleculardynamicsstudio.b ... art-ii-dynamic.html (他这个博客在我这里后来打不开了，不知为何) lammps maillist中关于实现crosslink的讨论 http://lammps.sandia.gov/threads/msg34578.html 缘起于Masao Doi的OCTA的、默默发展的J-OCTA http://www.j-octa.com/case/201302_01/index.html 日语命名好奇妙 ‘架橋フェノール樹脂’  抛砖引玉，不胜枚举，也望其他同行分享些资源看看？ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2016-07-13 16:57:30
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10372
- 散金: 3286
- 红花: 167
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
3楼2016-07-14 08:26:39
heumxl
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1003.4
- 红花: 6
- 帖子: 138
- 在线: 124小时
- 虫号: 2187500
- 注册: 2012-12-15
- 性别: GG
- 专业: 固体力学
4楼2016-07-14 13:12:33
10