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cyt160

新虫 (初入文坛)

[求助] 最近审稿回来reviewer有个问题不知道怎么回答!!! 已有1人参与

最近审稿回来reviewer有个问题不知道怎么回答:
      
       我是用16s rRNA miseq高通量测序测的五氯酚(PCP)降解过程中微生物群落的变化,我们做高通量的结果通常都是用相对丰度的变化来表示某个属的变化,看reviewer意思需要其他定量结果,之前投的文章也没有遇过种问题,因为高通量的结果用相对丰度表示都是比较被认可的,所以我也不想补定量的实验,想问一下大家这么问题要怎么回答才能让reviewer比较满意,谢谢!

       问题如下:
                     The authors argue some particular bacteria are enriched in the microcosm spiked with PCP by comparison of relative abundance of the bacteria within prokaryote. However, there is no data about total population of bacteria in the microcosm. Without the data of total population or quantitative monitoring of the target bacteria, we cannot know the bacteria increased in the microcosm or not.
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abc
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
审稿人的意见没问题,高通量测序确实不太好定量。我这边师兄做群落分析的文章,是 培养法+Fish+二代测序 的套路,就没这问题。至于问题的回答,不想补实验的话,就只能多多列举别人的文章引证了;若是有心补实验的话,可以做个细菌通用引物的FISH或真菌的,看你的主要关注点,或者做个你最关注的那一种菌的功能基因基因组拷贝数的qPCR。
8楼2016-07-14 09:29:32
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查看全部 9 个回答

肖申克的舅叔

金虫 (正式写手)

帮你顶一下,不是这块的

发自小木虫Android客户端
3楼2016-07-12 23:57:43
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rainboy3529

铁虫 (著名写手)

高通量测序的主要不足就是不定量。从审稿意见看,审稿人很懂该领域

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-07-13 00:15:39
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cyt160

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 肖申克的舅叔 at 2016-07-12 23:57:43
帮你顶一下,不是这块的

谢谢你!我还是没想到办法,这个帖持续有效。
abc
5楼2016-07-13 23:08:37
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