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张红燕Sarah新虫 (初入文坛)
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蛋白质胶上酶解
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最近在做蛋白质胶上酶解,有几个问题提出来请教大家 1)蛋白质的胶上酶解效率做到多少比较合适? 我用BSA试过,胶上酶解效率为46%,据说要做到>80%才是正常的,本宝宝真的做不到,我用的是Mann的Nature protocol(2006)的方法,对考染的band做胶上酶解,不知道大家都是怎么做的,酶解效率能做到多少。 2)band单独分析,还是混合分析(此处分析指的是后续的LC-MS分析)? 切下来的band比较多,混合分析的话就会很快;单独分析对后续的LC-MS分析很有压力,但是当band之间丰度差异比较大时,单独分析鉴定的蛋白会更多。 大家平时是怎么做的呢? 3)每个band单独分析,鉴定的蛋白质分子量和凝胶电泳的不匹配 就比如,我切的胶是130-170kDa之间的,结果质谱鉴定的蛋白有46kDa的;72-95kDa之间的band,鉴定到了168kDa的蛋白。这是正常现象吗? 希望得到各位同仁的帮助 ~~ |
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张红燕Sarah
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