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张红燕Sarah新虫 (初入文坛)
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蛋白质胶上酶解
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最近在做蛋白质胶上酶解，有几个问题提出来请教大家 1）蛋白质的胶上酶解效率做到多少比较合适？ 我用BSA试过，胶上酶解效率为46%，据说要做到>80%才是正常的，本宝宝真的做不到，我用的是Mann的Nature protocol（2006）的方法，对考染的band做胶上酶解，不知道大家都是怎么做的，酶解效率能做到多少。 2）band单独分析，还是混合分析（此处分析指的是后续的LC-MS分析）？ 切下来的band比较多，混合分析的话就会很快；单独分析对后续的LC-MS分析很有压力，但是当band之间丰度差异比较大时，单独分析鉴定的蛋白会更多。 大家平时是怎么做的呢？ 3）每个band单独分析，鉴定的蛋白质分子量和凝胶电泳的不匹配 就比如，我切的胶是130-170kDa之间的，结果质谱鉴定的蛋白有46kDa的；72-95kDa之间的band，鉴定到了168kDa的蛋白。这是正常现象吗？ 希望得到各位同仁的帮助  ~~ |
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张红燕Sarah
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