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张红燕Sarah

新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质胶上酶解

最近在做蛋白质胶上酶解,有几个问题提出来请教大家

1)蛋白质的胶上酶解效率做到多少比较合适?
我用BSA试过,胶上酶解效率为46%,据说要做到>80%才是正常的,本宝宝真的做不到,我用的是Mann的Nature protocol(2006)的方法,对考染的band做胶上酶解,不知道大家都是怎么做的,酶解效率能做到多少。

2)band单独分析,还是混合分析(此处分析指的是后续的LC-MS分析)?
切下来的band比较多,混合分析的话就会很快;单独分析对后续的LC-MS分析很有压力,但是当band之间丰度差异比较大时,单独分析鉴定的蛋白会更多。
大家平时是怎么做的呢?

3)每个band单独分析,鉴定的蛋白质分子量和凝胶电泳的不匹配
就比如,我切的胶是130-170kDa之间的,结果质谱鉴定的蛋白有46kDa的;72-95kDa之间的band,鉴定到了168kDa的蛋白。这是正常现象吗?

希望得到各位同仁的帮助~~
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jiafeijiafei

金虫 (小有名气)


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楼主好,我最近也在做蛋白质质谱,你用BSA测了酶解的效率,这个试验我没做过,我想咨询一下你是怎么做的,最后是怎么判定的呢?求解答
2楼2016-08-26 17:21:47
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张红燕Sarah

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiafeijiafei at 2016-08-26 17:21:47
楼主好,我最近也在做蛋白质质谱,你用BSA测了酶解的效率,这个试验我没做过,我想咨询一下你是怎么做的,最后是怎么判定的呢?求解答

你好,我是将BSA胶上酶解,肽段进LC-MS/MS分析,数据库搜索,主要看目标蛋白的覆盖率
3楼2016-08-26 20:10:58
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