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savagefly

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中的氢键计算

请教各位朋友
    如何使用MS对氢键作用进行分析啊?我看到有人用MS做氢键分析,但是没有具体的过程,只是对结果进行了讨论。我想知道具体的过程(比如如何set),请高手指教。谢谢!!!

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 18:54 ]
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寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

听说MS 不能处理HB
2楼2008-11-09 16:36:31
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awpsr

金虫 (正式写手)

快快乐乐小青虫

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):^_^ 3Q!!欢迎常来!
先优化结构,在Calculate hydrogen bond中可以设置,形成氢键的长度范围,形成氢键的原子等
世上本没有人, 路走多了便成了人
3楼2008-11-09 17:03:12
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savagefly

铜虫 (小有名气)

谢谢awpsr
请问Calculate hydrogen bond这个选项在哪里?
比如我想研究水分子之间的氢键作用,怎么设置呢?请教
寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
4楼2008-11-09 18:47:26
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awpsr

金虫 (正式写手)

快快乐乐小青虫

★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3q
Calculate hydrogen bond就在add atom选项后面的标着H的那个按钮,研究水分子的氢键作用应该先画一些水分子,优化结构同时选上Calculate hydrogen bond,这样只要在合适的位置就会有氢键显示出来。默认的距离是0.25nm,可以根据物理化学手册查找相关值设置。
世上本没有人, 路走多了便成了人
5楼2008-11-10 16:17:06
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savagefly

铜虫 (小有名气)

谢谢,我去试试!!
寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
6楼2008-11-11 09:21:43
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

在discover 中我用各种力场都算过动力学,可是status文件里始终是
Potential (kcal/mol)
...
...
      0.00  Hydrogen Bond
7楼2008-11-11 17:47:50
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