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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】MS中的氢键计算
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savagefly

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中的氢键计算

请教各位朋友
    如何使用MS对氢键作用进行分析啊？我看到有人用MS做氢键分析，但是没有具体的过程，只是对结果进行了讨论。我想知道具体的过程（比如如何set），请高手指教。谢谢！！！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 18:54 ]
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1楼 2008-11-09 11:25:16
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
听说MS 不能处理HB
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2楼2008-11-09 16:36:31
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awpsr

金虫 (正式写手)

快快乐乐小青虫
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):^_^ 3Q！！欢迎常来！
先优化结构，在Calculate hydrogen bond中可以设置，形成氢键的长度范围，形成氢键的原子等
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世上本没有人， 路走多了便成了人
3楼2008-11-09 17:03:12
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savagefly

铜虫 (小有名气)
谢谢awpsr
请问Calculate hydrogen bond这个选项在哪里?
比如我想研究水分子之间的氢键作用，怎么设置呢？请教
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寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
4楼2008-11-09 18:47:26
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awpsr

金虫 (正式写手)

快快乐乐小青虫
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3q
Calculate hydrogen bond就在add atom选项后面的标着H的那个按钮，研究水分子的氢键作用应该先画一些水分子，优化结构同时选上Calculate hydrogen bond，这样只要在合适的位置就会有氢键显示出来。默认的距离是0.25nm，可以根据物理化学手册查找相关值设置。
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世上本没有人， 路走多了便成了人
5楼2008-11-10 16:17:06
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savagefly

铜虫 (小有名气)
谢谢，我去试试！！
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寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
6楼2008-11-11 09:21:43
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
在discover 中我用各种力场都算过动力学，可是status文件里始终是
Potential (kcal/mol)
...
...
      0.00  Hydrogen Bond
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7楼2008-11-11 17:47:50
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