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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 生工作了菌种鉴定
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wlm0917

银虫 (正式写手)

[交流] 生工作了菌种鉴定 已有4人参与

一株菌但是发了两个ab1文件，怎么成两个菌了？
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1楼 2016-07-02 15:19:40
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runrain

金虫 (小有名气)
★
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测序的时候是不是给了两个引物？如果是给了两个引物，就是测了两个反应，一正一反。序列是一样的，只是一个3‘~5’，一个5‘~3’。
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2楼2016-07-02 16:13:00
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wlm0917

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by runrain at 2016-07-02 16:13:00
测序的时候是不是给了两个引物？如果是给了两个引物，就是测了两个反应，一正一反。序列是一样的，只是一个3‘~5’，一个5‘~3’。

上面的问题解决了，还有个问题，测序结果我想做系统发育树，这个怎么弄，我把两段序列合成了一段，这个该怎么导入mega软件，试了把序列信息保存为ab1格式，但是软件不识别
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3楼2016-07-02 19:08:22
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)
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记得当初mega5复制粘贴就可以了吧

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4楼2016-07-03 14:03:55
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江大发酵人

银虫 (正式写手)
dnaman拼接

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5楼2016-07-03 19:17:20
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runrain

金虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by wlm0917 at 2016-07-02 19:08:22
上面的问题解决了，还有个问题，测序结果我想做系统发育树，这个怎么弄，我把两段序列合成了一段，这个该怎么导入mega软件，试了把序列信息保存为ab1格式，但是软件不识别...

从软件工具栏里“文件”那里打开
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6楼2016-07-03 23:57:18
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二十一业

铜虫 (小有名气)
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祝你好运，有概率鉴定不出来
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7楼2016-07-04 10:30:40
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wlm0917

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by runrain at 2016-07-03 23:57:18
从软件工具栏里“文件”那里打开...

再问下大神，我那个菌鉴定为枯草芽孢杆菌，相似度都在99%，文章里怎么写这个，直接写Bacillus subtilis 吗？还是写Bacillus sp. ?
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8楼2016-07-04 16:39:58
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runrain

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by wlm0917 at 2016-07-04 16:39:58
再问下大神，我那个菌鉴定为枯草芽孢杆菌，相似度都在99%，文章里怎么写这个，直接写Bacillus subtilis 吗？还是写Bacillus sp. ?...

一般不直接做判定是不是枯草芽孢杆菌，而且你这个相似度也才99%，算是相似度比较低的。如果是做的16s，一般98%的相似度就要考虑是不是新种，97%的相似度就要考虑是不是新属。99%的相似度不能完全确认就一定是枯草芽孢杆菌。如果检测机构给你做菌种鉴定，结论一般是这样写的，你可以参考一下，对该种菌的16S进行扩增并测序，测序的结果在NCBI上进行比对，其16S序列与....的相似度最高，相似度为...%。

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9楼2016-07-04 21:19:22
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wlm0917

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by runrain at 2016-07-04 21:19:22
一般不直接做判定是不是枯草芽孢杆菌，而且你这个相似度也才99%，算是相似度比较低的。如果是做的16s，一般98%的相似度就要考虑是不是新种，97%的相似度就要考虑是不是新属。99%的相似度不能完全确认就一定是枯草芽 ...

那就是写Bacillus sp.了？ 还有我看有些文章里这句“CLUSTALX software  using 1,000 bootstrap replicates” 是什么意思，我用的是MEGA 7 应该怎么写
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10楼2016-07-04 22:58:56
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