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wlm0917

银虫 (正式写手)

[交流] 生工作了菌种鉴定 已有4人参与

一株菌但是发了两个ab1文件,怎么成两个菌了?
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runrain

金虫 (小有名气)


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测序的时候是不是给了两个引物?如果是给了两个引物,就是测了两个反应,一正一反。序列是一样的,只是一个3‘~5’,一个5‘~3’。
2楼2016-07-02 16:13:00
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wlm0917

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by runrain at 2016-07-02 16:13:00
测序的时候是不是给了两个引物?如果是给了两个引物,就是测了两个反应,一正一反。序列是一样的,只是一个3‘~5’,一个5‘~3’。

上面的问题解决了,还有个问题,测序结果我想做系统发育树,这个怎么弄,我把两段序列合成了一段,这个该怎么导入mega软件,试了把序列信息保存为ab1格式,但是软件不识别
3楼2016-07-02 19:08:22
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)


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记得当初mega5复制粘贴就可以了吧

发自小木虫Android客户端
4楼2016-07-03 14:03:55
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江大发酵人

银虫 (正式写手)

5楼2016-07-03 19:17:20
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runrain

金虫 (小有名气)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by wlm0917 at 2016-07-02 19:08:22
上面的问题解决了,还有个问题,测序结果我想做系统发育树,这个怎么弄,我把两段序列合成了一段,这个该怎么导入mega软件,试了把序列信息保存为ab1格式,但是软件不识别...

从软件工具栏里“文件”那里打开
6楼2016-07-03 23:57:18
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二十一业

铜虫 (小有名气)


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祝你好运,有概率鉴定不出来
7楼2016-07-04 10:30:40
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wlm0917

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by runrain at 2016-07-03 23:57:18
从软件工具栏里“文件”那里打开...

再问下大神,我那个菌鉴定为枯草芽孢杆菌,相似度都在99%,文章里怎么写这个,直接写Bacillus subtilis 吗?还是写Bacillus sp. ?
8楼2016-07-04 16:39:58
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runrain

金虫 (小有名气)


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引用回帖:
8楼: Originally posted by wlm0917 at 2016-07-04 16:39:58
再问下大神,我那个菌鉴定为枯草芽孢杆菌,相似度都在99%,文章里怎么写这个,直接写Bacillus subtilis 吗?还是写Bacillus sp. ?...

一般不直接做判定是不是枯草芽孢杆菌,而且你这个相似度也才99%,算是相似度比较低的。如果是做的16s,一般98%的相似度就要考虑是不是新种,97%的相似度就要考虑是不是新属。99%的相似度不能完全确认就一定是枯草芽孢杆菌。如果检测机构给你做菌种鉴定,结论一般是这样写的,你可以参考一下,对该种菌的16S进行扩增并测序,测序的结果在NCBI上进行比对,其16S序列与....的相似度最高,相似度为...%。

发自小木虫IOS客户端
9楼2016-07-04 21:19:22
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wlm0917

银虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by runrain at 2016-07-04 21:19:22
一般不直接做判定是不是枯草芽孢杆菌,而且你这个相似度也才99%,算是相似度比较低的。如果是做的16s,一般98%的相似度就要考虑是不是新种,97%的相似度就要考虑是不是新属。99%的相似度不能完全确认就一定是枯草芽 ...

那就是写Bacillus sp.了? 还有我看有些文章里这句“CLUSTALX software  using 1,000 bootstrap replicates” 是什么意思,我用的是MEGA 7 应该怎么写
10楼2016-07-04 22:58:56
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