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lujunjing新虫 (初入文坛)
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模拟聚合物扩散系数力场选择问题
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本人目前想做PDMS中分子的扩散系数的问题，参考了《含硅聚合物中小分子扩散行为的分子模拟》的一些基本设置，其中遇到了一些问题想请教一下大家 （1）文中使用COMPASS力场得到密度为0.969，PCFF得到密度为1.011，实验测得密度为0.971，因此作者认为COMPASS力场更合适；而我经过与他一样的建立分子，建立格子，能量最小化，退火，NPT平衡后得到使用COMPASS力场得到密度略微大于1，PCFF得到密度为0.96左右，使用各种非键的组合基本都是这种情况，想问一下是应该按照我目前的模拟结果认为PCFF力场更适合模拟还是有其他什么原因我没有考虑到。 （2）只用密度相近认为模拟参数可行是否合适？ （3）由于我研究的是液体硅油，而文献中常报道的是PDMS膜或者熔融体，请问它们之间扩散系数会有什么差别？在模拟中建立模型有什么区别？ （4）对于实验中测得的扩散系数与模拟在一个什么样的差别可以认为可接受了？ 在此先感谢大家了，祝大家生活愉快，学业顺利。 |
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结果差异可能来自以下方面： MS版本、建模方法（例如文中建模过程参考了好几篇文献；文中结构优化后compass更接近，你的密度加了退火过程） 主观上讲，我觉得用pcff没问题，毕竟是设计用来模拟聚合物的，适用范围里也提到了 siloxanes, silanes 另外，两个力场都属于Consistent forcefields，MS里提到COMPASS is a new version of pcff. 用密度相近来判断力场是否合适是可以的 以前看的一篇文献《Mechanism of the Stereocomplex Formation between Enantiomeric Poly(lactide)s》 In our calculations，we applied the arithmetic average of both orientations.With 1.21 g/mL, the density of the calculated cell is close to the experimental value, 1.24 g/mL 结构的不同点建议查一下文献，我不太清楚 |
3楼2016-07-05 09:21:11
lujunjing
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2楼2016-07-04 12:54:27
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