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圣明3344

新虫 (正式写手)

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[求助] 关于MS软件中的DMol3模块的一些问题想请高人讲解！已有2人参与

我们现在正在学催化方面的一些计算，由于刚刚学习，所以很多都不懂，最近老师让我按一篇文献上的计算方法进行相关计算，但是我看的不是太懂，所以请对这方面有了解的人指点一二，文献内容如下：
用Materials Studio软件包中的DMol3模块进行所有的DFT计算。
（111）晶面作为热力学最稳定的表面，是常见的金属催化剂中含量最多的晶面。因此，我们选取Pd（111）晶面作为我们的模型催化剂，采用周期性超晶胞模型来模拟。对低覆盖度Pd（111）表面建立周期性三层层晶p（2×2）模型，每层含有四个Pd原子；而对于相对高的覆盖度表面采用三层（√3×√3）R30°模型来模拟，每层含有三个Pd原子。为了减少周期性层板之间的相互作用，Pd（111）薄面预留10A的真空层。计算过程采用Monkhorst-Pack方法自动生成的（6×6×2）K点设置。在几何结构优化过程中，底层的Pd原子固定在其体相点阵（3.891A），其余原子坐标完全放松弛豫。所有的反应都发生在Pd（111）平板模型的一侧，每个超晶胞只允许吸附一个被吸附物分子。其相对应的表面覆盖度为1/4和1/3.对体系能量、梯度、位移设置的迭代收敛标准分别为1×10＾-5Hartree、2×10＾-3Hartree/A/5×10＾-3A.
我想问一下：
1、“对低覆盖度Pd（111）表面建立周期性三层层晶p（2×2）模型，每层含有四个Pd原子。”中怎么建立三层的层晶？和p（2×2）在哪里设置？
2、“对于相对高的覆盖度表面采用三层（√3×√3）R30°模型来模拟”中（√3×√3）R30°模型在MS中哪里找到这个模型？
3、“为了减少周期性层板之间的相互作用，Pd（111）薄面预留10A的真空层”中怎么预留10A的真空层，在哪输入？
4、Monkhorst-Pack方法是什么方法？
5、“在几何结构优化过程中，底层的Pd原子固定在其体相点阵（3.891A），其余原子坐标完全放松弛豫。”中底层的Pd原子怎么固定在它的体相点阵3.891A中？

以上就是我的问题，希望有高人能来解答，非常感谢！

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1楼 2016-06-23 10:23:11

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Brutallus

木虫 (正式写手)

智障

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
圣明3344: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2016-06-23 22:31:37

1、先build——surface——cleave出111面，下面有选择截取深度。
建好真空层后build——symmetry——supercell，建立2×2超胞。

2.MS不可能有所有的原型。自己建。

3、截取111面后，build——carystals——build vaccum slab 设置10A 真空层

4、建布里渊区的方法。

5、在xsd文件晶体中选定你要固定的原子，modify——constant——fix fractional position

这东西自己玩玩就会了。