应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于MS软件中的DMol3模块的一些问题想请高人讲解！
31/1返回列表
查看: 2877  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

圣明3344

新虫 (正式写手)

[求助] 关于MS软件中的DMol3模块的一些问题想请高人讲解！ 已有2人参与

我们现在正在学催化方面的一些计算，由于刚刚学习，所以很多都不懂，最近老师让我按一篇文献上的计算方法进行相关计算，但是我看的不是太懂，所以请对这方面有了解的人指点一二，文献内容如下：
用Materials Studio软件包中的DMol3模块进行所有的DFT计算。
（111）晶面作为热力学最稳定的表面，是常见的金属催化剂中含量最多的晶面。因此，我们选取Pd（111）晶面作为我们的模型催化剂，采用周期性超晶胞模型来模拟。对低覆盖度Pd（111）表面建立周期性三层层晶p（2×2）模型，每层含有四个Pd原子；而对于相对高的覆盖度表面采用三层（√3×√3）R30°模型来模拟，每层含有三个Pd原子。为了减少周期性层板之间的相互作用，Pd（111）薄面预留10A的真空层。计算过程采用Monkhorst-Pack方法自动生成的（6×6×2）K点设置。在几何结构优化过程中，底层的Pd原子固定在其体相点阵（3.891A），其余原子坐标完全放松弛豫。所有的反应都发生在Pd（111）平板模型的一侧，每个超晶胞只允许吸附一个被吸附物分子。其相对应的表面覆盖度为1/4和1/3.对体系能量、梯度、位移设置的迭代收敛标准分别为1×10＾-5Hartree、2×10＾-3Hartree/A/5×10＾-3A.
我想问一下：
1、“对低覆盖度Pd（111）表面建立周期性三层层晶p（2×2）模型，每层含有四个Pd原子。”中怎么建立三层的层晶？和p（2×2）在哪里设置？
2、“对于相对高的覆盖度表面采用三层（√3×√3）R30°模型来模拟”中（√3×√3）R30°模型在MS中哪里找到这个模型？
3、“为了减少周期性层板之间的相互作用，Pd（111）薄面预留10A的真空层”中怎么预留10A的真空层，在哪输入？
4、Monkhorst-Pack方法是什么方法？
5、“在几何结构优化过程中，底层的Pd原子固定在其体相点阵（3.891A），其余原子坐标完全放松弛豫。”中底层的Pd原子怎么固定在它的体相点阵3.891A中？

以上就是我的问题，希望有高人能来解答，非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-06-23 10:23:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
圣明3344: 金币+10, ★有帮助, 我会去看看的，谢谢你！ 2016-06-23 22:32:17
你先百度一下“用Material Studio构建表面模型”，就可以找到你想要的某些答案。
Monkhorst-Pack grids是固体物理里面的知识，你百度一下布里渊区，可以找到答案。
赞一下(1人) 回复此楼
快乐科研，快乐生活。
2楼2016-06-23 10:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Brutallus

木虫 (正式写手)

智障

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
圣明3344: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2016-06-23 22:31:37
1、先build——surface——cleave出111面，下面有选择截取深度。
建好真空层后build——symmetry——supercell，建立2×2超胞。

2.MS不可能有所有的原型。自己建。

3、截取111面后，build——carystals——build vaccum slab 设置10A 真空层

4、建布里渊区的方法。

5、在xsd文件晶体中选定你要固定的原子，modify——constant——fix fractional position

这东西自己玩玩就会了。
赞一下(5人) 回复此楼
职业卢瑟，爱好逗比，行为贱格
3楼2016-06-23 19:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 圣明3344 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭