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jallent

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高斯优化模型

请问各位:我优化一个小分子化合物(100多分子量),采用以下的方式,不知和不合理?

%chk=imm1
%mem=500mb
%nproc=2
# opt hf/6-31+g(d) geom=connectivity

不知道6-31g(d), 与6-31+g(d),6-31++g(d)等基组有什么区别?一般来讲,用HF的方法和用密度泛函的方法优化结构哪个更准确些,刚开始学,很多不动,请各位多指教,谢谢~
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wonderflyer

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):欢迎再来小木虫
jallent(金币+2,VIP+0):谢谢
一般来说,密度泛函方法优化的结构更好,比如,B3LYP和B3PW91,分子不大,基组6-31+g(d,p)合适,既有极化,又有弥散函数。
2楼2008-11-07 08:38:12
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jallent

木虫 (正式写手)

谢谢楼上,我用HF的方法优化需要的时间差不多要20小时,如果用B3LYP的话估计要更长时间吧?此外想问一下优化出来的结构用什么方式可以看到空间结构?用GAOSSIN VIEW 查看的空间结构好象不准确,比如优化后双键变成单键了,谢谢!
3楼2008-11-07 15:20:05
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wonderflyer

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
jallent(金币+1,VIP+0):xiexie!
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
HF和密度泛函优化,时间差不多,但一般来说,密度泛函更精确。优化的结构可以用GAUSSVIEW看,它只是把结构显示出来,不是不准确,只是它内部默认键长多少是单键,超过这个值就显示为双键。具体的构型看优化结果文件或直接从GAUSSVIEW读出你需要的构型数据,比如C-O键长等。
4楼2008-11-07 16:29:52
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jallent

木虫 (正式写手)

谢谢啊,可是比如我要放在文章里面,那结构如果本来是双键显示成单键的话那别人肯定会质疑啊?
5楼2008-11-07 17:26:43
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wonderflyer

木虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
我认为审稿人应该清楚你提供的结构为什么会显示成单键,你要不放心可以把键长标示出来或者直接在GAUSSVIEW中把该键用双键表示就行了。
6楼2008-11-08 09:32:08
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kele1982

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
jallent(金币+2,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
当然是密度泛函的方法会准确些,特别使计算振动频率FREQ的时候,采用密度泛函的方法所得到的结果基本接近实验植,因为其修正系数基本接近1,HF的方法修正系数0.8-0.9之间。不过如果你的分子量比较大或者含有较多杂原子如P,S等,还是建议用HF方法,不然计算时间会比较长。
踏上科研不归路!
7楼2008-11-09 10:10:00
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