应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题
121/2返回列表12下一页
查看: 4240  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhangfrank

金虫 (正式写手)

[求助] 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题 已有3人参与

小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

万望大家不吝赐教。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

心理互助 CASTEP

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
计算顺利点吧
1楼 2016-06-19 00:42:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★
zhangfrank(ljw4010代发): 金币+5, 代发 2016-06-26 17:27:34
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki ... xample_calculations
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-06-19 05:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

计算单个S原子就把它放一个势箱里就可以了，但是我感觉你这里不能这么干……

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

这个……
什么叫气体原子的能量呢？如果是计算形成能的话，是可以这么干的，但是某些能量计算，是不能这么干的……
POSCAR设置没什么特殊的，随便一搞就可以了，你随便写一个或者用建模软件搞一个优化就可以了

万望大家不吝赐教。
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
3楼2016-06-19 09:13:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 前田庆次 at 2016-06-19 09:13:37
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构 ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
4楼2016-06-19 13:01:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 05:21:39
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_example_calculations

多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
5楼2016-06-19 13:28:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:28:51
多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？...

注意对称性和自旋
赞一下 回复此楼
6楼2016-06-19 15:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 15:46:36
注意对称性和自旋...

我是直接用的链接里面第一个例子 没有开自旋 对称性参数也是用的缺省默认值
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
7楼2016-06-19 21:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-20 11:22:33
尽量用不对称的空间（如a=8,b=9,c=10）,自旋要打开。
赞一下 回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
8楼2016-06-20 11:07:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:01:10
前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（ ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？

是的

关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR

没错
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
9楼2016-06-21 15:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小傻缺

新虫 (小有名气)
单个S可以在dmol里直接能量优化吧

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2016-06-22 19:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangfrank 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:11 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[考博] 博士申请 +4 z_l_l_666 2026-11-06 4/200 2026-11-13 06:19 by wlf1982
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:14 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 10:03 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:42 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭