应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题
121/2返回列表12下一页
查看: 3200  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhangfrank

金虫 (正式写手)

[求助] 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题 已有3人参与

小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

万望大家不吝赐教。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

心理互助 CASTEP

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
计算顺利点吧
1楼 2016-06-19 00:42:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★
zhangfrank(ljw4010代发): 金币+5, 代发 2016-06-26 17:27:34
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki ... xample_calculations
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-06-19 05:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

计算单个S原子就把它放一个势箱里就可以了，但是我感觉你这里不能这么干……

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

这个……
什么叫气体原子的能量呢？如果是计算形成能的话，是可以这么干的，但是某些能量计算，是不能这么干的……
POSCAR设置没什么特殊的，随便一搞就可以了，你随便写一个或者用建模软件搞一个优化就可以了

万望大家不吝赐教。
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
3楼2016-06-19 09:13:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 前田庆次 at 2016-06-19 09:13:37
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构 ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
4楼2016-06-19 13:01:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 05:21:39
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_example_calculations

多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
5楼2016-06-19 13:28:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:28:51
多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？...

注意对称性和自旋
赞一下 回复此楼
6楼2016-06-19 15:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 15:46:36
注意对称性和自旋...

我是直接用的链接里面第一个例子 没有开自旋 对称性参数也是用的缺省默认值
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
7楼2016-06-19 21:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-20 11:22:33
尽量用不对称的空间（如a=8,b=9,c=10）,自旋要打开。
赞一下 回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
8楼2016-06-20 11:07:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:01:10
前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（ ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？

是的

关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR

没错
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
9楼2016-06-21 15:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小傻缺

新虫 (小有名气)
单个S可以在dmol里直接能量优化吧

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2016-06-22 19:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangfrank 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +8 tcxiaoxx 2026-03-20 9/450 2026-03-23 12:16 by tcxiaoxx
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 352求调剂 +3 大米饭！ 2026-03-22 3/150 2026-03-22 23:28 by king123！
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭