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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

[求助] 求问如何计算单个S原子的能量以及单个原子计算的几个问题已有3人参与

小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

万望大家不吝赐教。
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计算顺利点吧
1楼2016-06-19 00:42:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★
zhangfrank(ljw4010代发): 金币+5, 代发 2016-06-26 17:27:34
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki ... xample_calculations
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2楼2016-06-19 05:21:39
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普通回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构文件中有128个S原子，如果算这个提醒需要的计算机资源太多了，所以想请教大侠们如何计算单个S原子的能量。

计算单个S原子就把它放一个势箱里就可以了，但是我感觉你这里不能这么干……

另外，对于H等气体原子的能量，只需要求一个H2分子的TOTEN然后除以2就可以吗？对于POSCAR设置有什么要求呢？

这个……
什么叫气体原子的能量呢？如果是计算形成能的话，是可以这么干的，但是某些能量计算，是不能这么干的……
POSCAR设置没什么特殊的，随便一搞就可以了，你随便写一个或者用建模软件搞一个优化就可以了

万望大家不吝赐教。
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
3楼2016-06-19 09:13:37
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 前田庆次 at 2016-06-19 09:13:37
小弟在做MoS2相关的替代计算，其中形成能部分需要用到单个S的能量，求问如何计算单个S原子的能量呢？
我本来的想法是，计算硫块体的能量（TOTEN）然后除以块体中的原子数目，但是在AMCSD网站找到的S块体的超胞结构 ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR
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计算顺利点吧
4楼2016-06-19 13:01:10
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 05:21:39
研究一下这里的例子：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_example_calculations

多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？
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计算顺利点吧
5楼2016-06-19 13:28:51
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:28:51
多谢前辈的链接。我用了里面的氧原子的例子，算出来是TOTEN  =        -0.31463647 eV
然后把其中的POTCAR换成N的，是TOTEN  =        -0.34128257 eV
误差这么小，是可能的吗？...

注意对称性和自旋
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6楼2016-06-19 15:46:36
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2016-06-19 15:46:36
注意对称性和自旋...

我是直接用的链接里面第一个例子 没有开自旋 对称性参数也是用的缺省默认值
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计算顺利点吧
7楼2016-06-19 21:33:05
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-20 11:22:33
尽量用不对称的空间（如a=8,b=9,c=10）,自旋要打开。
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
8楼2016-06-20 11:07:57
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前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-06-19 13:01:10
前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？


关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（ ...

前辈意思是 我只需要把单个S原子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR就可以是吗？

是的

关于H原子能量，就是算形成能时候的需要。我的想法是H2分子放在一个比如abc方向均为10埃（或者再大一些，20A）的空间中建立POSCAR

没错
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
9楼2016-06-21 15:49:42
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小傻缺

新虫 (小有名气)
单个S可以在dmol里直接能量优化吧

发自小木虫Android客户端
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10楼2016-06-22 19:29:08
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