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周先森回家了

金虫 (著名写手)

[求助] 过渡态计算,nebresults.pl后,vaspgr里面的几个eps都是0啊 具体见图 已有1人参与

如题目中描述,  第一个图是vaspgr里面的几个文件 ,第二个图是Linux下的报错命令,我个人觉得是vtstscripts中的vef.gnu有问题  ,第三个图是vef.gnu的内容,,希望遇到过此类问题或者是明白其中原因的大神,能给指点一二,不胜感激。

过渡态计算,nebresults.pl后,vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图
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过渡态计算,nebresults.pl后,vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图-1
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过渡态计算,nebresults.pl后,vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图-2
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

上面的后一段不正确。我大致知道原因了:
可能是你安装vtstcode.tgz时,没有将vtstcode.tgz里面的chain.F替代vasp自带的chain.F。
这样输出的01, 02, ....,目录下的OUTCAR里,不含“ FORCES: max atom, RMS ”这一行,导致nebconverge.pl检索OUTCAR里的forces时,没有检索到任何信息。所以产生了空文件fe.dat。

你的重新按vtstcode的手册上的步骤重新安装,编译vasp, 再重新计算。
3楼2016-06-19 16:29:47
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
周先森回家了: 金币+5 2016-11-25 21:43:07
你直接运行‘nebconverge.pl’,然后再检查01, 02, ....目录下fe.dat文件里的内容,可能这个文件里根本没有数据。
如果没有数据的话,那问题就就是检查nebconverge.pl有问题了,它没有产生fe.da文件。至于为什么没有产生fe.dat文件,那得细查了。
在01目录逐一运行如下命令
gzip  -d OUTCAR.gz
grep 'FORCES: m' OUTCAR`
grep 'energy  w' OUTCAR
看有没有在屏幕上打印出力和能量相关的数据。
如果没有的话,那你的OUTCAR有问题。

如果有的话,那可能是nebconverge.pl脚本有点问题,你得到vtst工具的论坛上去问问,
与nebconverge.pl脚本文件里的如下内容有关:
   $energy=`grep 'energy  w' OUTCAR`;
    $forces=`grep 'FORCES: m' OUTCAR`;
    @forces = split /\n/ , $forces;
    @energy = split /\n/ , $energy;
可能是perl版本或者OUTCAR(是vasp4.6或5.x版本)问题有关。
2楼2016-06-19 16:13:08
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by valenhou001 at 2016-06-19 16:29:47
上面的后一段不正确。我大致知道原因了:
可能是你安装vtstcode.tgz时,没有将vtstcode.tgz里面的chain.F替代vasp自带的chain.F。
这样输出的01, 02, ....,目录下的OUTCAR里,不含“ FORCES: max atom, RMS ”这一 ...

首先感谢您的应助,我刚学vasp,有下面几个问题不太明白:
1,fe.dat  以及  vaspout.eps 是用来干什么的
2,我计算过渡态有段时间了,算了一段时间,然后02像是过渡态,我就做了频率分析计算,结果有8个虚频。然后我把之前的contcar变为poscar继续计算,算了段时间,觉得还是02过渡态,又对其频率分析计算,还没出结果。如果我重新安装了vtstcode,那之前的计算还是有效的吧,我还可以把contcar变为poscar继续计算吧?不用从头开始计算过渡态吧?

发自小木虫Android客户端
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
4楼2016-06-19 16:57:13
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 周先森回家了 at 2016-06-19 17:57:13
首先感谢您的应助,我刚学vasp,有下面几个问题不太明白:
1,fe.dat  以及  vaspout.eps 是用来干什么的
2,我计算过渡态有段时间了,算了一段时间,然后02像是过渡态,我就做了频率分析计算,结果有8个虚频。然后 ...

1、fe.dat是收集了每一步的力和总能的变化,而vaspout.eps是根据fe.dat里的数据画出的图,可以用来检查计算作业的收敛情况的。
2、这个不好评论。你前面的计算可能只是提供了一个初始的NEB搜索路径,但究竟好不好,就难说了。不知道你前面计算中用的vasp模块是怎么编译出来,也就是它究竟有没有利用vtst的代码。
5楼2016-06-19 19:39:30
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