应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊 具体见图
151/2返回列表12下一页
查看: 3796  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

周先森回家了

金虫 (著名写手)

[求助] 过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊 具体见图 已有1人参与

如题目中描述，  第一个图是vaspgr里面的几个文件 ，第二个图是Linux下的报错命令，我个人觉得是vtstscripts中的vef.gnu有问题  ，第三个图是vef.gnu的内容，，希望遇到过此类问题或者是明白其中原因的大神，能给指点一二，不胜感激。

过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图
1.png


过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图-1
2.png


过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图-2
3.png
回复此楼

» 猜你喜欢
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
1楼 2016-06-18 13:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
周先森回家了: 金币+5 2016-11-25 21:43:07
你直接运行‘nebconverge.pl’，然后再检查01, 02, ....目录下fe.dat文件里的内容，可能这个文件里根本没有数据。
如果没有数据的话，那问题就就是检查nebconverge.pl有问题了，它没有产生fe.da文件。至于为什么没有产生fe.dat文件，那得细查了。
在01目录逐一运行如下命令
gzip  -d OUTCAR.gz
grep 'FORCES: m' OUTCAR`
grep 'energy  w' OUTCAR
看有没有在屏幕上打印出力和能量相关的数据。
如果没有的话，那你的OUTCAR有问题。

如果有的话，那可能是nebconverge.pl脚本有点问题，你得到vtst工具的论坛上去问问，
与nebconverge.pl脚本文件里的如下内容有关：
   $energy=`grep 'energy  w' OUTCAR`;
    $forces=`grep 'FORCES: m' OUTCAR`;
    @forces = split /\n/ , $forces;
    @energy = split /\n/ , $energy;
可能是perl版本或者OUTCAR（是vasp4.6或5.x版本）问题有关。
赞一下 回复此楼
2楼2016-06-19 16:13:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

上面的后一段不正确。我大致知道原因了：
可能是你安装vtstcode.tgz时，没有将vtstcode.tgz里面的chain.F替代vasp自带的chain.F。
这样输出的01, 02, ....,目录下的OUTCAR里，不含“ FORCES: max atom, RMS ”这一行，导致nebconverge.pl检索OUTCAR里的forces时，没有检索到任何信息。所以产生了空文件fe.dat。

你的重新按vtstcode的手册上的步骤重新安装，编译vasp, 再重新计算。
赞一下 回复此楼
3楼2016-06-19 16:29:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by valenhou001 at 2016-06-19 16:29:47
上面的后一段不正确。我大致知道原因了：
可能是你安装vtstcode.tgz时，没有将vtstcode.tgz里面的chain.F替代vasp自带的chain.F。
这样输出的01, 02, ....,目录下的OUTCAR里，不含“ FORCES: max atom, RMS ”这一 ...

首先感谢您的应助，我刚学vasp，有下面几个问题不太明白：
1，fe.dat  以及  vaspout.eps 是用来干什么的
2，我计算过渡态有段时间了，算了一段时间，然后02像是过渡态，我就做了频率分析计算，结果有8个虚频。然后我把之前的contcar变为poscar继续计算，算了段时间，觉得还是02过渡态，又对其频率分析计算，还没出结果。如果我重新安装了vtstcode，那之前的计算还是有效的吧，我还可以把contcar变为poscar继续计算吧？不用从头开始计算过渡态吧？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
4楼2016-06-19 16:57:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 周先森回家了 at 2016-06-19 17:57:13
首先感谢您的应助，我刚学vasp，有下面几个问题不太明白：
1，fe.dat  以及  vaspout.eps 是用来干什么的
2，我计算过渡态有段时间了，算了一段时间，然后02像是过渡态，我就做了频率分析计算，结果有8个虚频。然后 ...

1、fe.dat是收集了每一步的力和总能的变化，而vaspout.eps是根据fe.dat里的数据画出的图，可以用来检查计算作业的收敛情况的。
2、这个不好评论。你前面的计算可能只是提供了一个初始的NEB搜索路径，但究竟好不好，就难说了。不知道你前面计算中用的vasp模块是怎么编译出来，也就是它究竟有没有利用vtst的代码。
赞一下 回复此楼
5楼2016-06-19 19:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by valenhou001 at 2016-06-19 19:39:30
1、fe.dat是收集了每一步的力和总能的变化，而vaspout.eps是根据fe.dat里的数据画出的图，可以用来检查计算作业的收敛情况的。
2、这个不好评论。你前面的计算可能只是提供了一个初始的NEB搜索路径，但究竟好不好 ...

我不太懂你说的，我做过渡态用的CI-NEB方法，做过渡态之前，必须往服务器电脑上安装CINEB的插件，把那个CI-NEB文件夹拷到服务器电脑上之后，我看到这个文件夹里面有个vtstcode的文件夹，这是不是就是说是用vtstcode编译的呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
6楼2016-06-19 19:49:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

vtstcode的下载页面把安装步骤列的很清楚了。
将vtstcode解压后，把里面f90程序拷贝到的vasp的源代码目录中，并按那个下面页面的说明修改编译vasp的Makefile，以及main.F文件里的。
修改好再make，编译vasp得到支持CI-NEB的vasp可执行模块。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

周先森回家了
7楼2016-06-20 18:36:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by valenhou001 at 2016-06-20 18:36:57
vtstcode的下载页面把安装步骤列的很清楚了。
将vtstcode解压后，把里面f90程序拷贝到的vasp的源代码目录中，并按那个下面页面的说明修改编译vasp的Makefile，以及main.F文件里的。
修改好再make，编译vasp得到支 ...

嗯嗯  好的，谢谢。
我优化完之后，用dist.pl查看了一下，见图。
我这个返回值 是5.83497  大于5埃了  是不是优化的结构不好呀。 我的EDIFFG = -0.01  EDIFF=1E-05   感觉精度也不算低了呀，为什么优化的不行呢
过渡态计算，nebresults.pl后，vaspgr里面的几个eps都是0啊   具体见图-3



发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
8楼2016-06-20 23:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 周先森回家了 at 2016-06-21 00:03:04
嗯嗯  好的，谢谢。
我优化完之后，用dist.pl查看了一下，见图。
我这个返回值 是5.83497  大于5埃了  是不是优化的结构不好呀。 我的EDIFFG = -0.01  EDIFF=1E-05   感觉精度也不算低了呀，为什么优化的不行呢

...

"我这个返回值 是5.83497  大于5埃了  是不是优化的结构不好呀。"
不理解你的问题。

“返回值 是5.83497  大于5埃了”与后面的“EDIFFG = -0.01  EDIFF=1E-05   ”设置没有什么必然的关系。
赞一下 回复此楼
9楼2016-06-21 08:18:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by valenhou001 at 2016-06-21 08:18:02
"我这个返回值 是5.83497  大于5埃了  是不是优化的结构不好呀。"
不理解你的问题。

“返回值 是5.83497  大于5埃了”与后面的“EDIFFG = -0.01  EDIFF=1E-05   ”设置没有什么必然的关系。...

那我该怎样做才能使这个数小于5，或者这个可以不管它，继续做过渡态呢

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
10楼2016-06-21 08:50:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 周先森回家了 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭