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Raccoon和AutoDoge：批量准备用于对接的gpf和dpf，批量处理对接后生成的dlg文件
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大家好： 第一次发帖，发一个软件和脚本，希望能对大家的AutoDock有帮助。 Raccoon是AutoDock官网上提供的一个用于批量生成对接gpf和dpf参数的软件，使用很容易，请自寻教程，这里改过的Raccoon解决了Raccoon不能在中文系统上顺利设置任务输出路径的问题。Raccoon无需安装，里面一个.bat文件和.py文件，解压缩到AutoDock Tools的安装根目录下（也就是MGLTools的安装目录，我用的是1.5.6rc3版本），然后编辑.bat文件使得调用的python.exe和raccoon_ddcdir_1.0.py指向AutoDock Tools安装根目录下的python.exe和raccoon_ddcdir_1.0.py。我的安装目录是E:\ProgramFiles\MGLTools-1.5.6rc3，所以编辑.bat文件为"E:\ProgramFiles\MGLTools-1.5.6rc3\python.exe" "E:\ProgramFiles\MGLTools-1.5.6rc3\raccoon_ddcdir_1.0.py"。 AutoDoge是自学Python时候写的一个脚本，用于批量AutoDock对接的后分析。使用方法是把所有生成的dlg文件、AutoDoge的.bat和.py文件放在一个文件夹里，编辑.bat文件设置参数后运行.bat文件即可，直接运行.py也可以，就是默认参数无法变更罢了。具体参数含义在帮助文档里有写。运行完后会生成构象文件夹和报告，报告可以直接拉到excel里进行分析。如果要转换构象的文件格式，需要预先安装OpenBabel。 需要注意的是若想批量做AutoDock的话，除非有集群服务器，不然会很慢。希望适应实验室里的集群服务器来搭建AutoDock批量对接服务的话，需要对Raccoon进行一定程度的修改，修改随集群的不同而不同，这里就不详细叙述了，这个Raccoon里只提供了我们实验室的解决方案（程序路径和PBS），有需要的话可以联系实验室的集群管理员来一起协商解决。 祝对接快乐！ |
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2016-06-16 15:28:52, 52.63 K
2016-06-16 15:37:33, 8.13 K
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