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gromacs+GMXPBSAtool 计算结合自由能结果很奇怪啊。。。
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各位老师好！ 楼主是做蛋白纳米粒子的小白半路出家接触了分子模拟，最近在做到结合自由能计算的时候遇到了问题，向大家请教。 我用的是gromacs和GMXPBSAtool，根据mmpbsa方法计算了蛋白蛋白之间的binding free energy（溶剂为水），结果如下 ΔGvwd -168.6(7) ΔGSA 0.1(0.8) ΔGelec 2698.9(53) ΔGPB -2571.0(35) ΔGnonpolar -168.5(3) ΔGpolar 127.9(5) ΔGbind -40.6(5) 对Gelec和Gpb两项，以上的结果似乎说明，我计算的这个蛋白系统中静电相互作用会非常严重地影响其稳定性，而该蛋白在溶剂（水）中的溶解又极有利于其稳定。但是我看到许多的参考文献中，Gelec这项通常是负值，而Gpb这项是正值。 因此我非常困惑，是否我的计算过程是有问题的，从而计算得到了这种本身就不合理的结果？还是说，计算过程和结果可能是正确的，而我计算的这个蛋白系统就如同计算所呈现的一般？ 请见谅问题可能比较粗浅……求大神们指点！！ |
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