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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 3'RACE没有连续的保守序列，怎么设计引物呀？
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
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11楼2016-06-10 14:06:24
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel

【答案】应助回帖

小盆友，我最拿手的就是引物设计，我做过几十种PCR呢，你说的巢式，我可以告诉你，基本没意义，你的目的是得到靶序列全长（含有5‘和3’端）即可，增强效果没意义，你看过的那些都是旧黄历了，现在你应该跟上时代
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奋斗是我们前进的动力！
12楼2016-06-10 14:07:02
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
12楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-10 14:07:02
小盆友，我最拿手的就是引物设计，我做过几十种PCR呢，你说的巢式，我可以告诉你，基本没意义，你的目的是得到靶序列全长（含有5‘和3’端）即可，增强效果没意义，你看过的那些都是旧黄历了，现在你应该跟上时代

说明书就这么写的啊，我的物种已知的基因屈指可数，我没办法验证引物的特异性，只能做巢式咯

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13楼2016-06-10 14:11:10
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel

【答案】应助回帖

需要做RACE的大部分基因和物种都是如此，所以我才采用地毯式轰炸的方法，不管出现几个条带，全部切下来送走测序，不能忽略任何一个结果
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奋斗是我们前进的动力！
14楼2016-06-10 14:39:26
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armigera

金虫 (正式写手)
你的RACE还没出来啊～
对于未知基因序列，要根据保守区域设计兼并引物拿到特异序列。直接用保守区域设计的引物扩RACE很不好，因为所有的cDNA序列都有通用引物的adaptor，用不确定的引物很难扩出自己的目的基因

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15楼2016-06-10 14:43:36
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armigera

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-10 14:07:02
小盆友，我最拿手的就是引物设计，我做过几十种PCR呢，你说的巢式，我可以告诉你，基本没意义，你的目的是得到靶序列全长（含有5‘和3’端）即可，增强效果没意义，你看过的那些都是旧黄历了，现在你应该跟上时代

真的假的？

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16楼2016-06-10 14:45:31
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by armigera at 2016-06-10 14:45:31
真的假的？
...

有必要骗你么，我还用过最开始的那种很麻烦的PCR方法呢，就是rTaq发现之前的那种PCR，给你举个例子，你做过降落PCR和锅饼PCR么
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奋斗是我们前进的动力！
17楼2016-06-10 14:49:14
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armigera

金虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-10 14:49:14
有必要骗你么，我还用过最开始的那种很麻烦的PCR方法呢，就是rTaq发现之前的那种PCR，给你举个例子，你做过降落PCR和锅饼PCR么...

做过～

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18楼2016-06-10 14:49:53
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
15楼: Originally posted by armigera at 2016-06-10 14:43:36
你的RACE还没出来啊～
对于未知基因序列，要根据保守区域设计兼并引物拿到特异序列。直接用保守区域设计的引物扩RACE很不好，因为所有的cDNA序列都有通用引物的adaptor，用不确定的引物很难扩出自己的目的基因
...

我搞不到保守区啊

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19楼2016-06-10 14:50:04
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armigera

金虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-10 14:49:14
有必要骗你么，我还用过最开始的那种很麻烦的PCR方法呢，就是rTaq发现之前的那种PCR，给你举个例子，你做过降落PCR和锅饼PCR么...

因为以前我们研究的昆虫在ncbi genbank上没有基因组数据库，所以为了找差异做过差减杂交，dd-pcr，为了拿一些基因序列做过兼并引物pcr，拿全长用了RACE，有些引物省的摸条件中间试过touchdown pcr。甚至为了确定转录启始位点自己做过测序电泳。
估计我们是差不多年纪的

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20楼2016-06-10 14:56:27
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