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sinodina

木虫 (小有名气)

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[交流] 求助内含子分析

我现在有一种植物的研究较多的蛋白的基因组序列，但是没有cDNA序列，网上也没有相关记录，现在想分析他的内含子，如何分析？希望各位能帮忙！

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1楼 2008-11-04 20:14:53

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boouy

银虫 (正式写手)

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专业: 蔬菜学与瓜果学

用MIT的genscan试试
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

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2楼2008-11-05 10:33:56

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sinodina

木虫 (小有名气)

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多谢，但是我在NCBI上比对时发现这段序列应该是有两个内含子，三段外显子，当然由于是片段，前后两个外显子是不全的，用genescan分析出来只有中间那段外显子，其余两端的外显子他都没有显示，这样我就不好确认两端的位置，这是怎么回事呢，能通过修改参数来改善吗？

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3楼2008-11-06 09:35:28

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anne_ncpc

银虫 (初入文坛)

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专业: 生物制药

★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):奖励一下 8-8 17:45

做RT-PCR得到cDNA后才能明确两个内含子的位置，这样才能进行下一步的分析：构建内含子-GUS的双元表达载体，转化植物做瞬时表达，分析内含子的作用。

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4楼2008-11-10 10:38:37

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