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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

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[求助] 菜鸟求助。。。Dmol3研究汞在表面的吸附已有1人参与

1.用Dmol3研究汞在表面的吸附，直接画汞原子粘贴到真空层中么？汞原子是否需要进行结构优化？在绘制汞原子的晶格时晶格常数根据什么确定呢？

2.将汞原子粘贴到真空层的什么位置呢，是根据什么进行计算。。。

实验室只有我一个人研究反应机理，全都靠自学。。。

苦于无人交流。。。许多问题比较低级希望大神不吝赐教啊。。。

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1楼2016-06-04 17:01:32

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我想你要走了

铁虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
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引用回帖:

8楼: Originally posted by Ccfreesia at 2016-06-06 12:55:21
谢谢！！！！！！

我看文献过程中还是有一点不太明白，比方说先选定一个吸附位，然后要把被吸附原子放在离吸附原子多远的位置上呢，求指导~~...

单原子吸附的话桥位B是表面两原子中间点，八面体间隙O选择六个原子建中心点(creat centroid按钮)，四面体间隙T吸附四个原子建中心点，把单原子加在中心点坐标处。
络合物吸附的话，原子间距离参照简单分子键长（CuCl2表面吸Hg，可参照HgCl2中Hg-Cl键长），键长可以参照文献或实验结论，也可以自己建模进行几何优化，然后测键长。一些软件（如gaussian）构建的时候会有键长范围，可以参照。

一般情况下，键长键角都会在几何优化后发生改变，使其达到较为稳定的位置，进行几何优化以前的模型一般都比较粗略，键长键角都是大概的范围，是否稳定可以根据最终焓等性质及几何优化后得到的.xtd文件辅助判断(点play按钮看键长键角变化)。

络合物吸附时小分子相对于大分子的空间位置我现在也不是很懂，在网上查到的说是添加到近似合理的位置。问了老师但没告诉我。。。

因为只接触这个一年多一点，老师讲的也不是很详细。许多意见不一定准确，仅供参考。