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Ccfreesia铜虫 (小有名气)
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[求助]
菜鸟求助。。。Dmol3研究汞在表面的吸附 已有1人参与
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1.用Dmol3研究汞在表面的吸附，直接画汞原子粘贴到真空层中么？汞原子是否需要进行结构优化？在绘制汞原子的晶格时晶格常数根据什么确定呢？ 2.将汞原子粘贴到真空层的什么位置呢，是根据什么进行计算。。。 实验室只有我一个人研究反应机理，全都靠自学。。。  苦于无人交流。。。许多问题比较低级希望大神不吝赐教啊。。。 |
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Ccfreesia
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8楼2016-06-06 12:55:21
Madajay
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6楼2016-06-06 09:14:57
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Ccfreesia: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-06-06 12:56:26
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1.add atom，原子结构目前没听过需要优化的，并不知道原子怎么优化。对于表面吸附问题，晶格常数确定主要以各层不互相影响为依据（一般基底8-10埃）。 2.正常情况应该是根据基底确定需要讨论的吸附位(占位)，对于单原子来讲桥位B、四面体间隙位T、八面体间隙位O一般为常用吸附位。（放射性核素U在针铁矿(010)表面吸附的第一性原理研究，说实话比其实是较水的论文，但是对完全的新手很有帮助）个人觉得这类模型而言create centroid 比较有用。 参照手册，如果不想看的话在网上找中科大MS培训教程，没记错的话第五节CO的表面吸附那个可以参考。参考国外第一原理的相似研究（基底吸附不同原子/分子、Ni吸附于不同基底）还有就是对于吸附体系来说，一般会考虑O2、H2O的参与对其产生的影响，是否会生成络合物，络合物与表面的结合方式。是否会被氧化成高价态离子等等都可以作为考虑因素。 个人一点不成熟的意见，仅供参考，望大牛斧正。 |
7楼2016-06-06 09:45:27
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单原子吸附的话桥位B是表面两原子中间点，八面体间隙O选择六个原子建中心点(creat centroid按钮)，四面体间隙T吸附四个原子建中心点，把单原子加在中心点坐标处。 络合物吸附的话，原子间距离参照简单分子键长（CuCl2表面吸Hg，可参照HgCl2中Hg-Cl键长），键长可以参照文献或实验结论，也可以自己建模进行几何优化，然后测键长。一些软件（如gaussian）构建的时候会有键长范围，可以参照。 一般情况下，键长键角都会在几何优化后发生改变，使其达到较为稳定的位置，进行几何优化以前的模型一般都比较粗略，键长键角都是大概的范围，是否稳定可以根据最终焓等性质及几何优化后得到的.xtd文件辅助判断(点play按钮看键长键角变化)。 络合物吸附时小分子相对于大分子的空间位置我现在也不是很懂，在网上查到的说是添加到近似合理的位置。问了老师但没告诉我。。。 因为只接触这个一年多一点，老师讲的也不是很详细。许多意见不一定准确，仅供参考。 |
9楼2016-06-06 13:36:18
Ccfreesia
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10楼2016-06-07 15:57:25
