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wy_why007

银虫 (初入文坛)

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专业: 药物化学

[交流] A类错误

_symmetry_cell_setting          ?
_symmetry_space_group_name_H-M Pna21

loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
'x, y, z'
'-x, -y, z+1/2'
'x+1/2, -y+1/2, z'
'-x+1/2, y+1/2, z+1/2'

通过platon得到：
Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU  ]    D - H    H...A    D...A  D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

1    1 C(3)  --H(3A)  ..O(3) [  3554.01]    0.93    2.52    3.4500       173
2 Intra 1 C(5)  --H(5A)  ..O(4) [       ]    0.93    2.44    2.7634       100
3 Intra 1 C(7)  --H(7A)  ..Cl    [       ]    0.93    2.63    2.9544       101

:: No Classic Hydrogen Bonds Found

Translation of ARU-code to Equivalent Position Code
===================================================
[  3554. ]  = 1/2-x,1/2+y,-1/2+z

在cif表内贴了氢键数据：
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
#
#D H A D - H  H...A D...A D - H...A  symm(A)
#
C3    H3A    O3       0.9300    2.5200    3.4500    173.00 3_554 yes
C5    H5A    O4       0.9300    2.4400    2.7634    100.00    . yes
C7    H7A    Cl       0.9300    2.6300    2.9544    101.00    . yes

经checkcif检查发现有3个A类错误：
PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 16.84000, Rep    2.52000 Dev...    14.32 Ang.
            H3A  -O3    1.555 3.554
PLAT727_ALERT_1_A D...A Calc  17.575(10), Rep    3.45000 Dev...    14.13 Ang.
            C3 -O3    1.555 3.554
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc    141.00, Rep    173.00 Dev...    32.00 Deg.
            C3 -H3A  -O3    1.555 1.555 3.554
请各位高手帮忙

[ Last edited by wy_why007 on 2008-11-5 at 14:24 ]

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