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明-明-金虫 (小有名气)
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考虑吸附影响的扩散系数分析，Forcite--analysis或者Perl脚本编写？ 已有1人参与
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各位虫友，我现在在做甲烷，二氧化碳混合流体在粘土矿物中的竞争吸附与扩散，跑完吸附后，在得到的吸附帧上跑动力学，从而对流体的扩散系数进行统计，已得到其随不同条件设定而呈现的变化趋势。现在存在一个问题？流体分子在孔隙介质中是分为吸附相和自由相的，通过对得到的轨迹文件进行浓度分布的分析，可以得到各流体分子在孔隙壁附近的吸附位的位置，因此理论上在MS中可以以此对两种相态（吸附相与自由项）的流体分子分别进行标记，但是通过看跑完动力学后的轨迹文件（play）可以发现，吸附相和自由相分子不是一直存在各自的区域，轨迹文件默认（没有play时）是第一帧，即使在这上面进行了标记，被标记的吸附相的分子后面也会跑到自由相里面去。 而Forcite下分析MSD时，又只能对标记的set组进行统计，所以这样好像并不能代表吸附相或者扩散相的MSD。 我知道lammmps中可以划分一定区域，对这个区域中的各流体分子的扩散系数进行统计，并不拘泥于被标记的某一组分子，是针对区域来进行统计的。所以我想问一下在MS中能通过Perl脚本编写来实现对吸附相的区域以及自由项区域的个流体分子的MSD分析吗？还是说也可以不通过Perl来实现？附上我跑完动力学后的前两帧轨迹文件，被标记的分子是在第一帧（没有点击play的那一帧）中根据浓度分布而来的吸附相CO2，两块板子是CO2吸附相与自由相的界限。（很明显第一帧中标记的吸附相CO2，在第二帧中部分扩散到了自由相所在的区域）  IMG_0012.JPG  IMG_0013.JPG |
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