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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 关于SNP验证

通过基因组测序和转录组测序找到很多SNP位点，现在想挑选一些SNP位点进行相关性验证分析，但是这么多位点不可能都做，那问题来了，是多选一些基因、每个基因选几个位点做呢？还是选择性状相关的少数基因、每个基因内多选些位点做？有做过类似实验或是从理论上来分析大家觉得哪种策略更高效？
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1楼 2016-05-26 14:43:55
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匿名
本帖仅楼主可见
2楼2016-05-26 14:49:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
有了解的或有想法的留个言呗
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3楼2016-05-26 23:37:40
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lyueyawanwan

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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stone2239: 金币+10, 谢谢 2016-06-02 19:13:20
先找与自己研究方向相关的基因验证一下吧

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4楼2016-05-28 00:08:01
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炒饭达人

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
stone2239: 金币+10, 谢谢 2016-06-02 19:13:07
这个得靠自己下功夫去研究了，从数据库和文献中去查找自己感兴趣的位点，再综合考虑。SNP的验证现在方法比较多，Fluidigm新推出的技术平台比较便宜，可以问问看。前期资料准备好+大样本验证其实跟做GWAS思路差不多
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5楼2016-06-01 16:58:28
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zfy535251

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
跟我这个好像差不多，我是先过滤一遍给的SNP位点，留下靠谱的，然后按一定间距选取位点。如果有感兴趣的基因再加上

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6楼2016-06-03 10:24:45
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zfy535251 at 2016-06-03 10:24:45
跟我这个好像差不多，我是先过滤一遍给的SNP位点，留下靠谱的，然后按一定间距选取位点。如果有感兴趣的基因再加上

你说的留下靠谱的，是根据什么依据呢？
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7楼2016-06-03 14:12:12
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zfy535251 at 2016-06-03 10:24:45
跟我这个好像差不多，我是先过滤一遍给的SNP位点，留下靠谱的，然后按一定间距选取位点。如果有感兴趣的基因再加上

另外请教下你们是用什么方法验证SNP？
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8楼2016-06-03 14:12:57
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卡卡世界

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zfy535251 at 2016-06-03 10:24:45
跟我这个好像差不多，我是先过滤一遍给的SNP位点，留下靠谱的，然后按一定间距选取位点。如果有感兴趣的基因再加上

我也想问什么是靠谱的 有哪些指标？
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9楼2016-09-20 16:45:40
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