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nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] 关于源代码 已有3人参与

想看看lammps源代码里面是如何计算原子间相互作用的，结果看来看去都没发现哪块是计算相互作用的，lammps的源代码写的很不容易看清楚啊。
从主程序main.cpp出发，里面除去MPI相关的函数，和创建一个lammps实例，剩下就一句话  lammps->input->file();   调用lammps下的input类的file函数，处理输入文件。
这个file函数里面除去很多判断最后就落到parse函数，对命令进行解析，然后进入execute_command函数调用相应的命令处理函数，但是这里面没有run命令的处理函数。
以pair_style命令为例，对应的pair_style函数会将输入的命令参数（力场名称）和类force下的pair_style字符串比较（然而这个字符串的赋值始终没找到），如果符合就进入相应的settings函数。然后，这个settings函数里面一般就一行判断参数个数的语句就没了。
求高手指点一下，lammps源代码的结构是怎么样的？哪个文件里面包含了原子间相互作用的计算？
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1楼 2016-05-23 15:56:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

enrity

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2016-05-24 10:23:49
比如，想看lj96势函数的，找pair_lj98_cut.cpp，打开这个CPP文件，就能看到计算作用力的代码
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3楼2016-05-23 21:07:06
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enrity

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by nkleof at 2016-05-24 20:38:05
嗯，今天又看了一些代码，发现了run函数，可能是具体的计算过程由update类下面的integrate类的run函数完成，但是这个run函数我目前看到的是虚函数，还没发现可以实例化的代码。然而关于主程序还是不太明白，run函数 ...

用的是C++的多态技术

发自小木虫IOS客户端
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9楼2016-05-24 22:58:19
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普通回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个问题有意思。我也正在开发程序，回头研究一下lammps的执行流程，看看是不是也有这样的疑惑。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2016-05-23 18:41:05
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by enrity at 2016-05-23 21:07:06
比如，想看lj96势函数的，找pair_lj98_cut.cpp，打开这个CPP文件，就能看到计算作用力的代码

嗯，这个应该是可以理解的，不过我想看的是lammps中怎么把计算的力结果返回到主程序的，分子动力学有个力->速度->位置->力的循环迭代，应该是在主程序中完成的吧，我想知道这个用不同势函数计算的力结果和主程序之间的接口。
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4楼2016-05-24 10:23:50
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by enrity at 2016-05-23 21:07:06
比如，想看lj96势函数的，找pair_lj98_cut.cpp，打开这个CPP文件，就能看到计算作用力的代码

简单来说，我想看的是，在主程序中什么地方调用了这些计算相互作用的函数。
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5楼2016-05-24 10:32:25
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2016-05-24 20:38:14
引用回帖:
5楼: Originally posted by nkleof at 2016-05-24 10:32:25
简单来说，我想看的是，在主程序中什么地方调用了这些计算相互作用的函数。...

也许是在积分的函数里面调用的。积分有两步，中间夹有求力。我自己写程序时就是将求力的函数交给积分的函数调用的。当然，你如果只看主函数可能看不明白，这种大型程序一般会包装好几层才会到具体的真正做计算的函数。我还没仔细查看lammps代码，以上只是我的猜测。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2016-05-24 15:40:38
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enrity

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2016-05-24 20:38:36
引用回帖:
5楼: Originally posted by nkleof at 2016-05-24 10:32:25
简单来说，我想看的是，在主程序中什么地方调用了这些计算相互作用的函数。...

昨天回你贴目的是领金币来的

楼主应该是看过一些源代码了吧，程序从main函数开始，然后是就转到类 input, 在这个类中，完成了文件的读取，并解析输入命令，然后这个类中的成员函数， excute_command()就是执行每个模拟指令的，计算力的过程也是在这里完成。input类继承了Pointers类，其中的类指钍Force *force可以调用不同的pair_style, bond_style类，当然对应的计算作用力的程序也就在这个过程中完成了

看懂源代码需要花一翻功夫的，我也只看粗略看了一下，希望对你有帮助
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7楼2016-05-24 19:00:53
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-24 15:40:38
也许是在积分的函数里面调用的。积分有两步，中间夹有求力。我自己写程序时就是将求力的函数交给积分的函数调用的。当然，你如果只看主函数可能看不明白，这种大型程序一般会包装好几层才会到具体的真正做计算的函 ...

嗯，今天又看了一些代码，发现了run函数，可能是具体的计算过程由update类下面的integrate类的run函数完成，但是这个run函数我目前看到的是虚函数，还没发现可以实例化的代码。然而关于主程序还是不太明白，run函数是在实例化lammps类的过程中完成调用的，但是之后才有input类下的file函数关于输入文件的处理，但是，file函数之后就直接delete lammps，删除实例了！这样的话真正的运算在哪里？
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8楼2016-05-24 20:38:05
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tingl

铁虫 (初入文坛)
楼主，我在编译lammps后，在bench及examples中测试都ok？但是一旦把我自己的in文件及data文件和势文件放在别的目录中，运行时就会首先出现cannot open log.lammps for writing 以及后面会跟着出现application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0。
但是我把我的in文件及data和势文件放在examples/crack中运行，就没有一点错误，，， 这是什么原因造成的？
实在找不到人来求助了，楼主还请原谅！！
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10楼2016-05-24 23:11:41
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