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yebitai

铜虫 (正式写手)

[求助] 【网上下载的CIF文件用vesta打开发现有的原子挤在一起怎么办?】 已有1人参与

网上晶体学数据库中下载的几个CIF文件,不论是用MS还是vesta打开,都有一些原子挤在一起,这些原子间距离约为0.5A,应该是不对。
感觉可能是CIF文件的坐标和对称性读取时存在问题,但不知道具体哪出问题?
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

3楼2016-05-19 15:35:29
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2楼2016-05-19 10:23:02
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yebitai

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by awdawdawdd at 2016-05-19 15:35:29
有可能是有disorder吧

我看了CIF,没有分数占位....占位率都是1
4楼2016-05-19 17:38:03
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yebitai at 2016-05-19 17:38:03
我看了CIF,没有分数占位....占位率都是1...

那要么是你cif来源不是很好 建议从icsd或者paper 的SI里面弄出来。如果来源可靠的话有可能是structure refinement的问题。例如有heavy element的情况下还有light element,用dft relax一下即可 应该变动不会太大。
计算前最好check一下原子数目对不对

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-05-20 05:24:42
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