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【网上下载的CIF文件用vesta打开发现有的原子挤在一起怎么办？】 已有1人参与
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网上晶体学数据库中下载的几个CIF文件，不论是用MS还是vesta打开，都有一些原子挤在一起，这些原子间距离约为0.5A，应该是不对。 感觉可能是CIF文件的坐标和对称性读取时存在问题，但不知道具体哪出问题？ |
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2楼2016-05-19 10:23:02
awdawdawdd
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3楼2016-05-19 15:35:29
4楼2016-05-19 17:38:03
awdawdawdd
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那要么是你cif来源不是很好 建议从icsd或者paper 的SI里面弄出来。如果来源可靠的话有可能是structure refinement的问题。例如有heavy element的情况下还有light element，用dft relax一下即可 应该变动不会太大。 计算前最好check一下原子数目对不对 发自小木虫IOS客户端 |
5楼2016-05-20 05:24:42
liuliu198844
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6楼2016-05-20 14:19:25
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您能详细说一下怎样换成直角坐标吗？ 用ins文件打开是把后缀变成.ins吗？ |
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2016-05-20 16:15:48, 2.75 K
7楼2016-05-20 16:19:12
wuchenwf
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8楼2016-05-20 17:10:59
我的模型中C-O键长为0.55A, 而且放入vasp中优化结构就有离子距离太近的报错。。。。应该还是CIF的问题 9楼2016-05-21 11:20:21
liuliu198844
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