24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 200  |  回复: 4
当前主题已经存档。

imation

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于能量平衡:定义、实现及判断

在阅读文献时发现,在建模过程中,总是提到要让体系平衡,且平衡的方法很多,但是我始终没有弄明白以下问题

什么是平衡?是能量、结构,还是什么?
为何要平衡?非平衡的性质模拟也需要平衡吗?不平衡的体系对模拟结果有何影响?
如何实现平衡?能量minimization?选用什么系综?NVT、NVE、NPT?退火?……
如何判断体系已经达到平衡了?是能量不随模拟过程变化?内聚能密度或溶度参数?……

欢迎大家一起探讨

[ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 23:21 ]
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头头

木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
必须平衡, 通过体系能量变化,RMSD 回旋半径 crossRMSD  一些特殊氨基酸的坐标位置变化情况等等判断体系是否平衡
平衡需要MM MD  系综得根据自己的体系,我常用NVT
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-10-30 23:59:42
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imation

铁杆木虫 (正式写手)

谢谢头头不吝赐教
如此而言,退火是不是对体系平衡更好?因为从低温加到高温再降到低温的过程,可以让系统充分的松弛。
3楼2008-10-31 08:57:49
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头头

木虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
是的,高温下原子结构速度增大,构象间能垒降低,有利于搜索到全局最低点,有利于平衡,模拟退火是可以的
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
4楼2008-10-31 09:07:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imation

铁杆木虫 (正式写手)

明白了,谢谢头头的热心指教
5楼2008-10-31 13:18:01
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 imation 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 河北省自然科学基金 +5 Peterchao 2026-05-18 8/400 2026-05-24 11:58 by 晓晓爱翠翠
[考博] 云南大学材料与能源学院解琳课题组钙钛矿博士招生 +4 光伏爱好者 2026-05-17 7/350 2026-05-24 10:20 by 光伏爱好者
[教师之家] 论文撤稿了 +3 bjvtcliu 2026-05-24 5/250 2026-05-24 10:06 by Equinoxhua
[教师之家] 某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路! +4 zju2000 2026-05-21 5/250 2026-05-24 09:35 by songwz
[考博] 26/27申博自荐 10+4 ZXW0202 2026-05-22 9/450 2026-05-24 08:47 by bjvtcliu
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hvkbtfonbv 2026-05-23 3/150 2026-05-24 08:01 by 9ps9vgkqva
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 pmo95bazuy 2026-05-23 7/350 2026-05-24 06:35 by fpo5ljpv91
[基金申请] 揭秘青基评审内幕:几个A才能顺利中标 +3 国自然国社科中 2026-05-23 4/200 2026-05-23 15:37 by 2000zf36392
[基金申请] 青B发送上会通知了吗 +5 chemBioBro 2026-05-22 7/350 2026-05-23 12:35 by zhuifengzhy
[考博] 博士申请 +3 焦晓明 2026-05-21 3/150 2026-05-23 11:26 by mlc840311
[论文投稿] 投稿求助,期刊 +4 希冀,有书读 2026-05-20 8/400 2026-05-22 10:16 by 希冀,有书读
[文学芳草园] 献血感触 +7 呀呀好傻 2026-05-19 13/650 2026-05-21 20:15 by 呀呀好傻
[基金申请] 面上本子正文33页,违规吗?会被低分嘛? +14 1234567wang 2026-05-17 16/800 2026-05-21 17:58 by 脆脆的饼干
[基金申请] 国自然评分 +4 无名者登山 2026-05-20 5/250 2026-05-21 16:35 by swuq
[基金申请] 国自然上会要求 +7 无名者登山 2026-05-18 11/550 2026-05-21 15:50 by draco1987
[基金申请] 提交了我也来说说感想 +9 fummck 2026-05-20 10/500 2026-05-21 14:17 by draco1987
[有机交流] 反应很差,大量原料没有反应 5+3 Mr.Zot 2026-05-19 8/400 2026-05-20 22:19 by Equinoxhua
[考博] 如果工作了想读博,可以边工作边读全日制嘛? 30+3 铁达火车 2026-05-18 5/250 2026-05-20 09:33 by tfang
[考博] 博士申请 +5 星…… 2026-05-18 6/300 2026-05-18 23:49 by 糊糊涂涂好
[硕博家园] 我在等一个没有答案的答案 +3 Love_MH 2026-05-17 3/150 2026-05-18 02:22 by 竹林孤影
信息提示
请填处理意见