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imation

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于能量平衡:定义、实现及判断

在阅读文献时发现,在建模过程中,总是提到要让体系平衡,且平衡的方法很多,但是我始终没有弄明白以下问题

什么是平衡?是能量、结构,还是什么?
为何要平衡?非平衡的性质模拟也需要平衡吗?不平衡的体系对模拟结果有何影响?
如何实现平衡?能量minimization?选用什么系综?NVT、NVE、NPT?退火?……
如何判断体系已经达到平衡了?是能量不随模拟过程变化?内聚能密度或溶度参数?……

欢迎大家一起探讨

[ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 23:21 ]
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头头

木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
必须平衡, 通过体系能量变化,RMSD 回旋半径 crossRMSD  一些特殊氨基酸的坐标位置变化情况等等判断体系是否平衡
平衡需要MM MD  系综得根据自己的体系,我常用NVT
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-10-30 23:59:42
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imation

铁杆木虫 (正式写手)

谢谢头头不吝赐教
如此而言,退火是不是对体系平衡更好?因为从低温加到高温再降到低温的过程,可以让系统充分的松弛。
3楼2008-10-31 08:57:49
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头头

木虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
是的,高温下原子结构速度增大,构象间能垒降低,有利于搜索到全局最低点,有利于平衡,模拟退火是可以的
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
4楼2008-10-31 09:07:29
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imation

铁杆木虫 (正式写手)

明白了,谢谢头头的热心指教
5楼2008-10-31 13:18:01
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