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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸杂交 » southern blot验证细菌基因敲除，怎样设计探针？
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condy

新虫 (小有名气)

[求助] southern blot验证细菌基因敲除，怎样设计探针？ 已有3人参与

正打算做southern blot 验证细菌基因敲除菌株，我设计的探针是应该和目的基因杂交吗？这样的话，敲除菌株就什么也杂不到了，出发菌株才可以杂出条带。这样设计探针可靠吗？
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1楼 2016-05-13 16:57:38
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liygmail

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
细菌基因敲除，用PCR就可以验证了，何必用分子杂交呢
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2楼2016-05-14 03:06:37
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-05-18 07:54:05
一般来说，会设计成：野生型一条带，敲除株株两条带。我觉得你说的敲除株杂交不出条带的设计不好，因为感觉不能充分证明是你敲除后导致没条带，还是你操作不当导致的未杂出条带。
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3楼2016-05-15 11:30:04
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e生物圈

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币-100, 屏蔽内容, 违规存档 2016-05-25 11:30:25
本帖内容被屏蔽
4楼2016-05-16 15:47:04
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condy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liygmail at 2016-05-14 03:06:37
细菌基因敲除，用PCR就可以验证了，何必用分子杂交呢

这几个基因比较关键，所以想严谨一点。。。
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5楼2016-05-17 09:33:46
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condy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 肥猫p at 2016-05-15 11:30:04
一般来说，会设计成：野生型一条带，敲除株株两条带。我觉得你说的敲除株杂交不出条带的设计不好，因为感觉不能充分证明是你敲除后导致没条带，还是你操作不当导致的未杂出条带。

的确。但敲除菌株两条带是什么意思啊?求教。
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6楼2016-05-17 09:39:17
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肥猫p

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by condy at 2016-05-17 09:39:17
的确。但敲除菌株两条带是什么意思啊?求教。...

敲除菌株中间插入了一个marker基因，marker基因中间有酶切位点，把靶基因打断了，每一段都与探针杂交，于是形成2条带。建议你找几篇文章看看，有Southern结果的文章，一般都会附上设计原理图。祝好！
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7楼2016-05-18 00:10:02
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condy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 肥猫p at 2016-05-18 00:10:02
敲除菌株中间插入了一个marker基因，marker基因中间有酶切位点，把靶基因打断了，每一段都与探针杂交，于是形成2条带。建议你找几篇文章看看，有Southern结果的文章，一般都会附上设计原理图。祝好！...

谢谢，我的这个靶基因中间并没有插入Marker基因。
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8楼2016-05-18 14:44:59
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
condy: 金币+10, ★有帮助 2016-05-23 17:12:34
你是无痕敲除啊，那你看看你去除的那一段里面是否有合适的酶切位点，做成WT两条带，MT一条带。或者，WT和MT都一条带，但是条带大小不同。就是得保证WT和MT都得有带。
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9楼2016-05-19 10:25:44
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