【答案】应助回帖

11楼2016-05-13 08:32:29

guodianzhu

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 33.5
散金: 25
红花: 2
帖子: 148
在线: 20.9小时
虫号: 2593770
注册: 2013-08-12

引用回帖:

9楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 05:43:03
上一个帖子忘记我把用的输入文件放上来好了就用的单独一个H原子...

你好，用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基，难道是我这个sh文件不能算单原子？

12楼2016-05-13 21:00:50

guodianzhu

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 33.5
散金: 25
红花: 2
帖子: 148
在线: 20.9小时
虫号: 2593770
注册: 2013-08-12

引用回帖:

10楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-13 08:27:49
加关键词：IOP(6/7=3)

也不行！仍然没有log文件

13楼2016-05-13 21:01:08

paramecium86

版主 (著名写手)

QC强帖: 5
应助: 586 (博士)
贵宾: 0.01
金币: 26316.1
红花: 348
帖子: 2021
在线: 1440.5小时
虫号: 2466443
注册: 2013-05-16
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

引用回帖:

12楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-13 21:00:50
你好，用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基，难道是我这个sh文件不能算单原子？...

这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的 sh文件里的运行命令你是怎么写的？

发自小木虫IOS客户端

14楼2016-05-13 21:20:53

guodianzhu

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 33.5
散金: 25
红花: 2
帖子: 148
在线: 20.9小时
虫号: 2593770
注册: 2013-08-12

引用回帖:

14楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 21:20:53
这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的 sh文件里的运行命令你是怎么写的？
...

如图！谢谢！

发自小木虫IOS客户端

15楼2016-05-14 07:07:22

zhou2009

版主 (著名写手)

QC强帖: 15
应助: 337 (大学生)
贵宾: 4.053
金币: 42652.6
红花: 153
帖子: 1729
在线: 1274.7小时
虫号: 676800
注册: 2008-12-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

应为：
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径，01.log路径默认。

16楼2016-05-14 08:35:57

paramecium86

版主 (著名写手)

QC强帖: 5
应助: 586 (博士)
贵宾: 0.01
金币: 26316.1
红花: 348
帖子: 2021
在线: 1440.5小时
虫号: 2466443
注册: 2013-05-16
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guodianzhu: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-05-21 13:21:25

引用回帖:

15楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-14 07:07:22
如图！谢谢！

...

别的命令我也不知道你的超算是如何设置的但你的sh文件最后一行g09 01.gjf 而你文件夹里的是输入文件是 1.gjf 是不是根本就没运行你要算的那个文件。。。

17楼2016-05-14 08:38:06

guodianzhu

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 33.5
散金: 25
红花: 2
帖子: 148
在线: 20.9小时
虫号: 2593770
注册: 2013-08-12

引用回帖:

16楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-14 08:35:57
应为：
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径，01.log路径默认。

按照你的建议，我的计算文件和sh文件如附图，但仍计算不了！

1.png

2.png

3.png

18楼2016-05-14 11:18:57

zhou2009

版主 (著名写手)

QC强帖: 15
应助: 337 (大学生)
贵宾: 4.053
金币: 42652.6
红花: 153
帖子: 1729
在线: 1274.7小时
虫号: 676800
注册: 2008-12-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

只有一个原子，为什么进行opt、freq？还要加溶剂水。这些统统去掉。
m06-2x是否能算单个H？

计算开始尽量简化，然后看需要再增加。这样就知道卡在哪里了。

19楼2016-05-14 14:50:43

spearous

金虫 (正式写手)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 994.1
帖子: 317
在线: 83.7小时
虫号: 75496
注册: 2005-06-18
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

贴一下 job1.o63的内容

感觉应该是sh文件的问题，如果是gaussian的问题，一般应该有输出文件的。然后你又有job1.o63文件，说明的确是没有错误的运行（指cluster运行这个程序无错误，返回*.o 文件，如果有错误返回*.e 文件。不是gaussian计算无错误）。

应该是有输出的，只不过没在这个目录里。很可能在你的家目录里，假设你的用户名是guodianzhu，那么就是/home/guodianzhu

不过你可以这样改一下sh文件：

这行 g09 h.gjf h.out
改成 g09 < /home/guodianzhu/h.gjf > /home/guodianzhu/h.out

当然你要先把h.gjf 拷到 /home/guodianzhu/ 下，先这样做，能确保找到输出再说。然后再省略一些可以省略的脚本内容。

另外，你的HPC脚本很高级，竟然有两个参数从没见过，，，

20楼2016-05-17 02:28:51