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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算氢自由基
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 05:38:02
我用你的输入文件
%chk=h.chk
# HF/6-311++G** POP=FULL IOP(6/7=3)   

H  

0,2
1   0.0 0.0 0.0

放到我这里的超算上算是没有问题的。是可以算出结果的 我把输出的log文件附上了

如果连log都没有 ...

此计算结果是对的
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11楼2016-05-13 08:32:29
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guodianzhu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 05:43:03
上一个帖子忘记 我把用的输入文件放上来好了 就用的单独一个H原子...

你好，用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基，难道是我这个sh文件不能算单原子？
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12楼2016-05-13 21:00:50
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guodianzhu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-13 08:27:49
加关键词：IOP(6/7=3)

也不行！仍然没有log文件
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13楼2016-05-13 21:01:08
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-13 21:00:50
你好，用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基，难道是我这个sh文件不能算单原子？...

这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的  sh文件里的运行命令你是怎么写的？

发自小木虫IOS客户端
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14楼2016-05-13 21:20:53
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guodianzhu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 21:20:53
这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的  sh文件里的运行命令你是怎么写的？
...

如图！谢谢！
高斯计算氢自由基



发自小木虫IOS客户端
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15楼2016-05-14 07:07:22
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zhou2009

版主 (著名写手)
应为：
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径，01.log路径默认。
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16楼2016-05-14 08:35:57
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guodianzhu: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-05-21 13:21:25
引用回帖:
15楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-14 07:07:22
如图！谢谢！

...

别的命令我也不知道你的超算是如何设置的 但你的sh文件 最后一行g09  01.gjf 而你文件夹里的是 输入文件是 1.gjf   是不是根本就没运行你要算的那个文件。。。
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17楼2016-05-14 08:38:06
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guodianzhu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-14 08:35:57
应为：
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径，01.log路径默认。

按照你的建议，我的计算文件和sh文件如附图，但仍计算不了！
高斯计算氢自由基-1
1.png


高斯计算氢自由基-2
2.png


高斯计算氢自由基-3
3.png
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18楼2016-05-14 11:18:57
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zhou2009

版主 (著名写手)
只有一个原子，为什么进行opt、freq？还要加溶剂水。这些统统去掉。
m06-2x是否能算单个H？

计算开始尽量简化，然后看需要再增加。这样就知道卡在哪里了。
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19楼2016-05-14 14:50:43
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spearous

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

贴一下 job1.o63的内容

感觉应该是sh文件的问题，如果是gaussian的问题，一般应该有输出文件的。然后你又有job1.o63文件，说明的确是没有错误的运行（指cluster运行这个程序无错误，返回*.o 文件， 如果有错误返回*.e 文件。不是gaussian计算无错误）。

应该是有输出的，只不过没在这个目录里。很可能在你的家目录里，假设你的用户名是guodianzhu，那么就是/home/guodianzhu

不过你可以这样改一下sh文件：

这行 g09 h.gjf h.out
改成 g09 < /home/guodianzhu/h.gjf  > /home/guodianzhu/h.out

当然你要先把h.gjf 拷到 /home/guodianzhu/  下，先这样做，能确保找到输出再说。然后再省略一些可以省略的脚本内容。

另外，你的HPC脚本很高级，竟然有两个参数从没见过，，，
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20楼2016-05-17 02:28:51
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