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zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 05:38:02
我用你的输入文件
%chk=h.chk
# HF/6-311++G** POP=FULL IOP(6/7=3)   

H  

0,2
1   0.0 0.0 0.0

放到我这里的超算上算是没有问题的。是可以算出结果的 我把输出的log文件附上了

如果连log都没有 ...

此计算结果是对的
11楼2016-05-13 08:32:29
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guodianzhu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 05:43:03
上一个帖子忘记 我把用的输入文件放上来好了 就用的单独一个H原子...

你好,用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基,难道是我这个sh文件不能算单原子?
12楼2016-05-13 21:00:50
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guodianzhu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-13 08:27:49
加关键词:IOP(6/7=3)

也不行!仍然没有log文件
13楼2016-05-13 21:01:08
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paramecium86

版主 (著名写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-13 21:00:50
你好,用你的输入文件也计算不了。我的sh文件可以算其它自由基,难道是我这个sh文件不能算单原子?...

这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的  sh文件里的运行命令你是怎么写的?

发自小木虫IOS客户端
14楼2016-05-13 21:20:53
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guodianzhu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by paramecium86 at 2016-05-13 21:20:53
这sh文件应该不会挑运算文件里面的内容的  sh文件里的运行命令你是怎么写的?
...

如图!谢谢!
高斯计算氢自由基



发自小木虫IOS客户端
15楼2016-05-14 07:07:22
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zhou2009

版主 (著名写手)

应为:
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径,01.log路径默认。
16楼2016-05-14 08:35:57
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
guodianzhu: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-05-21 13:21:25
引用回帖:
15楼: Originally posted by guodianzhu at 2016-05-14 07:07:22
如图!谢谢!

...

别的命令我也不知道你的超算是如何设置的 但你的sh文件 最后一行g09  01.gjf 而你文件夹里的是 输入文件是 1.gjf   是不是根本就没运行你要算的那个文件。。。
17楼2016-05-14 08:38:06
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guodianzhu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-14 08:35:57
应为:
g09 01.gjf 01.log

01.gjf前面要包含路径,01.log路径默认。

按照你的建议,我的计算文件和sh文件如附图,但仍计算不了!
高斯计算氢自由基-1
1.png


高斯计算氢自由基-2
2.png


高斯计算氢自由基-3
3.png

18楼2016-05-14 11:18:57
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zhou2009

版主 (著名写手)

只有一个原子,为什么进行opt、freq?还要加溶剂水。这些统统去掉。
m06-2x是否能算单个H?

计算开始尽量简化,然后看需要再增加。这样就知道卡在哪里了。
19楼2016-05-14 14:50:43
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spearous

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

贴一下 job1.o63的内容

感觉应该是sh文件的问题,如果是gaussian的问题,一般应该有输出文件的。然后你又有job1.o63文件,说明的确是没有错误的运行(指cluster运行这个程序无错误,返回*.o 文件, 如果有错误返回*.e 文件。不是gaussian计算无错误)。

应该是有输出的,只不过没在这个目录里。很可能在你的家目录里,假设你的用户名是guodianzhu,那么就是/home/guodianzhu

不过你可以这样改一下sh文件:

这行 g09 h.gjf h.out
改成 g09 < /home/guodianzhu/h.gjf  > /home/guodianzhu/h.out

当然你要先把h.gjf 拷到 /home/guodianzhu/  下,先这样做,能确保找到输出再说。然后再省略一些可以省略的脚本内容。

另外,你的HPC脚本很高级,竟然有两个参数从没见过,,,
20楼2016-05-17 02:28:51
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