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guodianzhu

新虫 (小有名气)

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[求助] 高斯计算氢自由基已有3人参与

小菜一枚想用高斯计算氢自由基的能量，我添加了虚原子（如图），但计算不了，请大神们指导！

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1楼 2016-05-12 09:14:17

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spearous

金虫 (正式写手)

应助: 5 (幼儿园)
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专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

贴一下 job1.o63的内容

感觉应该是sh文件的问题，如果是gaussian的问题，一般应该有输出文件的。然后你又有job1.o63文件，说明的确是没有错误的运行（指cluster运行这个程序无错误，返回*.o 文件，如果有错误返回*.e 文件。不是gaussian计算无错误）。

应该是有输出的，只不过没在这个目录里。很可能在你的家目录里，假设你的用户名是guodianzhu，那么就是/home/guodianzhu

不过你可以这样改一下sh文件：

这行 g09 h.gjf h.out
改成 g09 < /home/guodianzhu/h.gjf > /home/guodianzhu/h.out

当然你要先把h.gjf 拷到 /home/guodianzhu/ 下，先这样做，能确保找到输出再说。然后再省略一些可以省略的脚本内容。

另外，你的HPC脚本很高级，竟然有两个参数从没见过，，，