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tillandsia9

新虫 (初入文坛)

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[交流] UCSF Chimera快速入门指南已有1人参与

＊＊＊＊＊＊版权归作者所有，转载请注明出处＊＊＊＊＊＊＊

加州大学旧金山分校的Chimera是一款可高度扩展的，用于分子结构及相关数据的交互可视化和分析的软件，可实现的功能有密度图、超分子组装、序列比对、结果对接、轨迹、构象合奏等。
Chimera可通过菜单栏和/或命令行运行，常用的功能两种方式都能实现，但命令行所有的操作不是都能在菜单栏中找到，菜单栏中所有的功能也不是都能通过命令行运行。以下主要介绍通过菜单进行操作的方法。

开始－打开文件
file－open。
如果没有本地文件，可以file－fetch by ID，pdb中输入编号1zik，1d86，2mnr等进行练习。

选择
一般先选择对象，再执行指令。
选择可以通过菜单栏进行select－，取消选择select－clear selection，反选select－invert。改变选择模式select－selection mode－。
也可以通过鼠标进行，选择ctrl＋click，多选ctrl＋shift＋click，取消选择ctrl＋click空白。
右下角是绿色时，表明有区域被选中。
没有选择任何区域时，认为action指令是针对全局的。

指令
菜单栏中action可执行很多指令，如：
显示原子／键actions－atoms／bonds－show；显示为棍棒模型actions－atoms／bonds－ball&stick。
显示表面actions－surface。
根据元素显色actions－color－by element。
显示氨基酸残基名称及位置actions－label－residue－name + specifier。
去掉水分子select－structure－solvent，actions－atoms／bonds－hide，注意此时水分子仍是选中的，执行其他操作前需要clear selection。

其它常用功能
显示命令行tools－general controls－command line。
模型面板tools－general controls－model panel，有时一个界面有几个model，model panel中可以设置model是否显示，是否作为活动对象，类似于ps里图层面板的功能。在主界面下方的active models里，也可以勾选model是否作为活动对象。
显示观察视角tools－viewing controls－side view，移动小方块可调节视角远近，移动黄色横线与models相交可看横截面。
导出图片tools－viewing controls－camera。
显示序列tools－sequence。
也可以将常用的功能添加到favorites中。

快速链接
主页http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
通过教程学习
file:///Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/helpdir/UsersGuide/frametut.html
基本功能
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecore.html
命令行用法
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecommand.html

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