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UCSF Chimera快速入门指南 已有1人参与
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＊＊＊＊＊＊版权归作者所有，转载请注明出处＊＊＊＊＊＊＊ 加州大学旧金山分校的Chimera是一款可高度扩展的，用于分子结构及相关数据的交互可视化和分析的软件，可实现的功能有密度图、超分子组装、序列比对、结果对接、轨迹、构象合奏等。 Chimera可通过菜单栏和/或命令行运行，常用的功能两种方式都能实现，但命令行所有的操作不是都能在菜单栏中找到，菜单栏中所有的功能也不是都能通过命令行运行。以下主要介绍通过菜单进行操作的方法。 开始－打开文件 file－open。 如果没有本地文件，可以file－fetch by ID，pdb中输入编号1zik，1d86，2mnr等进行练习。 选择 一般先选择对象，再执行指令。 选择可以通过菜单栏进行select－，取消选择select－clear selection，反选select－invert。改变选择模式select－selection mode－。 也可以通过鼠标进行，选择ctrl＋click，多选ctrl＋shift＋click，取消选择ctrl＋click空白。 右下角是绿色时，表明有区域被选中。 没有选择任何区域时，认为action指令是针对全局的。 指令 菜单栏中action可执行很多指令，如： 显示原子／键actions－atoms／bonds－show；显示为棍棒模型actions－atoms／bonds－ball&stick。 显示表面actions－surface。 根据元素显色actions－color－by element。 显示氨基酸残基名称及位置actions－label－residue－name + specifier。 去掉水分子select－structure－solvent，actions－atoms／bonds－hide，注意此时水分子仍是选中的，执行其他操作前需要clear selection。 其它常用功能 显示命令行tools－general controls－command line。 模型面板tools－general controls－model panel，有时一个界面有几个model，model panel中可以设置model是否显示，是否作为活动对象，类似于ps里图层面板的功能。在主界面下方的active models里，也可以勾选model是否作为活动对象。 显示观察视角tools－viewing controls－side view，移动小方块可调节视角远近，移动黄色横线与models相交可看横截面。 导出图片tools－viewing controls－camera。 显示序列tools－sequence。 也可以将常用的功能添加到favorites中。 快速链接 主页http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ 通过教程学习 file:///Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/helpdir/UsersGuide/frametut.html 基本功能 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecore.html 命令行用法 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecommand.html |
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