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chemzhuhb木虫 (小有名气)
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[交流]
问几个芳环堆积的问题(请高手答疑)
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用Platon计算得到lis文件中可以得到所有分子中芳环平面之间的关系 如下所示)Cg(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] Cg-Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S Alpha Beta Gamma CgI_perp CgJ_perp Cg(1) [ 1] -> Cg(1) [ 2756.01] 5.354(3) -0.8777-0.3294-0.3480 -5.3843 0.00 56.86 56.86 2.927 2.927 Cg(1) [ 1] -> Cg(2) [ 1655.01] 4.985(3) 0.8100 0.5049 0.2983 11.3770 11.17 37.95 45.55 3.491 3.931 本人是菜鸟,问几个问题: 问题[1] Cg(I) Res(I) Cg(J) 中Res(I)是是么意思,代表是么啊 Cg(1) [ 1] -> Cg(1) 表明是按对称操作的两个环之间的关系吗? 问题[2]:如何来描述平行芳环或不平行芳环的Pi-Pi作用,是否存在Pi-Pi作用的主要依据是是么? 芳环之间的pi-pi作用,对于平行的两个芳环,可以用中心到中心的距离,中心到平面之间的距离,以及slippage来描述, 如Cg(1) [ 1] -> Cg(1) [ 2756.01] 5.354(3) -0.8777-0.3294-0.3480 -5.3843 0.00 56.86 56.86 2.927 2.927, 中心到中心的距离为5.354,中心到平面的距离是2.927, 但slippage为4.48 这样的数值是否可以判断这两个芳环之间存在pi-pi作用. 对于两个不平行的芳环是否也可以描述Pi-Pi作用,如Cg(1) [ 1] -> Cg(2) [ 1655.01] 4.985(3) 0.8100 0.5049 0.2983 11.3770 11.17 37.95 45.55 3.491 3.931 两个芳环的二面角为11.17,上面的数值是否也说明两个芳环之间存在pi-pi作用? 问题[3]:我用diamond作图来计算两个平行芳环的之间的中心到中心的距离,中心到平面之间的距离,计算的结构在platon计算的list文件中却找不到,为何? 请高手帮忙答疑,万分感谢! [ Last edited by chemzhuhb on 2008-10-25 at 12:10 ] |
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