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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在LAMMPS的data文件中写入初始速度和位移
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qw8276617

银虫 (小有名气)

[交流] 在LAMMPS的data文件中写入初始速度和位移 已有5人参与

我看LAMMPS手册讲到，可以设置每个原子的velocity，但是并没有看到可以写入位移

并且我将速度写入data文件之后，运行一直报错

有大神知道写入速度和位移的正确格式吗？
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1楼 2016-04-14 15:55:15
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道楼主说的原子位移是什么东西？只听说过位置，坐标等。
另外，报错？报什么错？
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2楼2016-04-14 23:41:40
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abinitio

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
速度不是写在data里，是在in里设置一下。其实，如果时间足够长，不设置也没问题，不过要多花些时间
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3楼2016-04-15 08:12:54
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你说的是位置差吗？要自己写程序相减得到，速度格式你先输出一个格式，然后照着弄吧
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4楼2016-04-15 15:11:37
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qw8276617

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-14 23:41:40
不知道楼主说的原子位移是什么东西？只听说过位置，坐标等。
另外，报错？报什么错？

lammps可以将初始速度写入data文件的，我做的东西要求就是要把速度和位移写入data中再读取用做初始速度和位移的构建，一定是要精确写入每一个原子的

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5楼2016-04-15 20:37:45
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qw8276617

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-04-15 15:11:37
你说的是位置差吗？要自己写程序相减得到，速度格式你先输出一个格式，然后照着弄吧

不是位置差，是要写入每一个原子的初始位移，再跑分子动力学，dump出原子位移随时间的变化

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6楼2016-04-15 20:38:47
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qw8276617

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-15 08:12:54
速度不是写在data里，是在in里设置一下。其实，如果时间足够长，不设置也没问题，不过要多花些时间

要精确写每一个原子的速度和位移，对方回复我说的是，用c或者fortran将这两个量写入data中，但是我看手册，只能写入速度，并没有发现可以写入位移

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7楼2016-04-15 20:40:26
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qw8276617 at 2016-04-15 20:38:47
不是位置差，是要写入每一个原子的初始位移，再跑分子动力学，dump出原子位移随时间的变化
...

那就fix吧
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8楼2016-04-15 20:43:16
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zsilence

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
初始速度就是温度啊
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9楼2016-04-17 10:20:07
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by qw8276617 at 2016-04-15 06:38:47
不是位置差，是要写入每一个原子的初始位移，再跑分子动力学，dump出原子位移随时间的变化
...

我还是在纠结楼主在楼主说的“位移”上？
请楼主仔细解释一下你说的位移的物理含义？

ps.试想，如果知道位移（位置的改变量https://zh.wikipedia.org/wiki/%E4%BD%8D%E7%A7%BB）
又知道初始速度，应该可以推得初始位置。
换句话说，知道初始速度，初始位置，不就知道初始位移了吗（注：先不计入力的作用；若计入力的作用，只是增加了加速度，而加速度完全取决于初始位置的分布）

另外，从来没听说过lammps中的data有位移这一项。（位移在MD中是求出来的，是原子的轨迹）
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qw8276617
10楼2016-04-19 01:27:09
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