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qw8276617

银虫 (小有名气)

[交流] 在LAMMPS的data文件中写入初始速度和位移 已有5人参与

我看LAMMPS手册讲到,可以设置每个原子的velocity,但是并没有看到可以写入位移

并且我将速度写入data文件之后,运行一直报错

有大神知道写入速度和位移的正确格式吗?
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alundilong

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知道楼主说的原子位移是什么东西?只听说过位置,坐标等。
另外,报错?报什么错?
2楼2016-04-14 23:41:40
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abinitio

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
速度不是写在data里,是在in里设置一下。其实,如果时间足够长,不设置也没问题,不过要多花些时间
3楼2016-04-15 08:12:54
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你说的是位置差吗?要自己写程序相减得到,速度格式你先输出一个格式,然后照着弄吧
4楼2016-04-15 15:11:37
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qw8276617

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-14 23:41:40
不知道楼主说的原子位移是什么东西?只听说过位置,坐标等。
另外,报错?报什么错?

lammps可以将初始速度写入data文件的,我做的东西要求就是要把速度和位移写入data中再读取用做初始速度和位移的构建,一定是要精确写入每一个原子的

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-15 20:37:45
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qw8276617

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-04-15 15:11:37
你说的是位置差吗?要自己写程序相减得到,速度格式你先输出一个格式,然后照着弄吧

不是位置差,是要写入每一个原子的初始位移,再跑分子动力学,dump出原子位移随时间的变化

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-04-15 20:38:47
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qw8276617

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-15 08:12:54
速度不是写在data里,是在in里设置一下。其实,如果时间足够长,不设置也没问题,不过要多花些时间

要精确写每一个原子的速度和位移,对方回复我说的是,用c或者fortran将这两个量写入data中,但是我看手册,只能写入速度,并没有发现可以写入位移

发自小木虫IOS客户端
7楼2016-04-15 20:40:26
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by qw8276617 at 2016-04-15 20:38:47
不是位置差,是要写入每一个原子的初始位移,再跑分子动力学,dump出原子位移随时间的变化
...

那就fix吧
8楼2016-04-15 20:43:16
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zsilence

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
初始速度就是温度啊
9楼2016-04-17 10:20:07
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alundilong

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by qw8276617 at 2016-04-15 06:38:47
不是位置差,是要写入每一个原子的初始位移,再跑分子动力学,dump出原子位移随时间的变化
...

我还是在纠结楼主在楼主说的“位移”上?
请楼主仔细解释一下你说的位移的物理含义?

ps.试想,如果知道位移(位置的改变量https://zh.wikipedia.org/wiki/%E4%BD%8D%E7%A7%BB
又知道初始速度,应该可以推得初始位置。
换句话说,知道初始速度,初始位置,不就知道初始位移了吗(注:先不计入力的作用;若计入力的作用,只是增加了加速度,而加速度完全取决于初始位置的分布)

另外,从来没听说过lammps中的data有位移这一项。(位移在MD中是求出来的,是原子的轨迹)

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10楼2016-04-19 01:27:09
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