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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求高手帮忙看看高斯的input文件，为啥老是报错
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hbl1877102

金虫 (小有名气)

[求助] 求高手帮忙看看高斯的input文件，为啥老是报错 已有1人参与

我用DFT/赝势基组计算我的含有Pd的中间体，这个中间体的单晶是有所报道的，我只是去掉了两个非键联的阴离子，然后加入两个电荷，可是始终报错，无法计算，麻烦大神帮我看看我的输入文件，谢谢！

%chk=C:\software\Gauusian\Cal\Pd(OAc)2+bpy.chk
%mem=1000MW
%nproc=16
#P opt freq b3lyp/genecp geom=connectivity

Pd(OAc)2+bpy

2 1
C                 -1.63598119    2.61591137    0.01017138
C                  0.49344538    3.48987348   -0.56737372
C                 -0.06245261    4.77970482   -0.66545931
C                 -1.43543662    4.96882174   -0.41307388
C                 -2.23660933    3.86965308   -0.06730935
C                 -2.41443827    1.28695890    0.38606460
C                 -2.15143481   -1.04938651    0.61220228
C                 -3.51265802   -1.19488851    0.91591855
C                 -4.33506791   -0.05373742    0.96970137
C                 -3.77769475    1.21234159    0.70604122
H                  1.53614786    3.32868657   -0.74709944
H                  0.55656797    5.61109046   -0.92612701
H                 -1.86533088    5.94333508   -0.48710932
H                 -3.28127716    3.99013059    0.13259933
H                 -1.50938698   -1.90376640    0.57421359
H                 -3.91923748   -2.16556467    1.11039321
H                 -5.37766608   -0.15441440    1.20959963
H                 -4.38706813    2.09004219    0.74178244
C                 -0.83349019   -0.39159911    3.21914515
C                  0.30975852    1.11901026    1.80888937
C                 -0.25518587    2.21180963    2.49116307
C                 -1.12457274    1.98493851    3.56937817
C                 -1.42590103    0.65663683    3.93530985
C                 -1.04211247   -1.92905618    3.52973840
C                 -0.39440351   -4.11234503    2.89245762
C                 -1.24243586   -4.65554558    3.87677125
C                 -1.99139871   -3.79422764    4.69855149
C                 -1.87885356   -2.40522082    4.53157505
H                  0.98217081    1.28311923    0.98868687
H                 -0.02250460    3.21508639    2.19195700
H                 -1.55151550    2.80964403    4.10701870
H                 -2.08491999    0.45879487    4.75006708
H                  0.19559296   -4.74902598    2.26857102
H                 -1.31921398   -5.71524945    3.99787993
H                 -2.64110185   -4.19466218    5.44472829
H                 -2.42119823   -1.72784323    5.15870144
N                 -1.67002705    0.17372512    0.37478449
N                 -0.30858227    2.47630983   -0.24926940
N                 -0.34302187   -2.78437478    2.74843525
N                 -0.00477664   -0.12448225    2.19949863
Pd                 0.17465483    0.59973415   -0.06426187
Pd                 0.67886454   -1.77949611    1.41708721
C                  0.53377528   -1.76670164   -1.51903694
C                  2.65681470   -0.39443198    0.84909387
O                  0.73481020   -0.47099045   -1.55619652
O                  1.58099601    0.25299243    1.19768758
O                  0.32529067   -2.44831363   -0.39249521
O                  2.60294297   -1.56709254    1.31946404
C                  3.79259356    0.15632526   -0.03843093
H                  4.53575576    0.62563067    0.58184843
H                  4.23980827   -0.64823192   -0.58588217
H                  3.39471660    0.87217644   -0.72040570
C                  0.52799019   -2.54156443   -2.85570320
H                 -0.13601466   -3.37518455   -2.77789500
H                  0.19427034   -1.89392914   -3.64677786
H                  1.51650624   -2.88601137   -3.07038255

Pd 0
LanL2DZ
****

C H O N 0
6-31G*
****

Pd 0
LanL2DZ
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985小硕一枚
1楼 2016-04-12 10:26:03
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猫仔鹿鹿

铁虫 (小有名气)
出错文件要贴出来吧，后面Pd基组无须定义两次吧

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2楼2016-04-12 10:36:36
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hbl1877102

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 猫仔鹿鹿 at 2016-04-12 10:36:36
出错文件要贴出来吧，后面Pd基组无须定义两次吧

报错输出文件如下，后面不是定义两次，第二次应该是启动赝势基组的意思

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Initial command:
/home/cau/g09/l1.exe /home/cau/g09/calculation/Gau-8002.inp -scrdir=/home/cau/g09/calculation/
Entering Link 1 = /home/cau/g09/l1.exe PID=      8003.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.02,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.02 11-Jun-2009
                17-Aug-2007
******************************************
%chk=1.chk
%mem=1000MW
%nprocshared=16
Will use up to   16 processors via shared memory.
-------------------------------------
#p opt b3lyp/genecp geom=connectivity
-------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-5,82=7/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link    1 at Fri Aug 17 20:20:26 2007, MaxMem= 1048576000 cpu:       2.2
(Enter /home/cau/g09/l101.exe)
------------
Pd(OAc)2+bpy
------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  2 Multiplicity = 1
C                    -1.53366   2.74597  -0.04433
C                     0.5182    3.55903  -0.8926
C                    -0.04406   4.8384   -1.04824
C                    -1.38675   5.05829  -0.68459
C                    -2.1455    3.99452  -0.17329
C                    -2.26293   1.45733   0.5103
C                    -1.99479  -0.85697   0.8974
C                    -3.32839  -0.94979   1.33096
C                    -4.13097   0.20715   1.36571
C                    -3.58999   1.43293   0.94637
H                     1.53731   3.37488  -1.16132
H                     0.54488   5.64109  -1.44089
H                    -1.8248    6.02811  -0.79708
H                    -3.16765   4.13613   0.11013
H                    -1.37146  -1.72581   0.86479
H                    -3.73113  -1.89401   1.63439
H                    -5.14333   0.1514    1.70704
H                    -4.18086   2.32522   0.95696
C                    -1.12414  -0.50187   3.17151
C                    -0.27261   1.1284    1.68903
C                    -0.88542   2.14552   2.44227
C                    -1.6499    1.80795   3.57577
C                    -1.77006   0.46055   3.94916
C                    -1.11985  -2.04833   3.49989
C                    -0.35088  -4.15368   2.74811
C                    -0.95916  -4.77896   3.85095
C                    -1.66496  -4.00254   4.79022
C                    -1.74687  -2.61286   4.6131
H                     0.3117    1.36696   0.82447
H                    -0.77308   3.17028   2.15547
H                    -2.13328   2.57159   4.14732
H                    -2.34016   0.17813   4.80953
H                     0.18779  -4.72863   2.02438
H                    -0.88656  -5.83867   3.97555
H                    -2.13433  -4.46804   5.6321
H                    -2.27675  -2.00135   5.31338
N                    -1.51861   0.33529   0.53036
N                    -0.2428    2.57824  -0.40114
N                    -0.45815  -2.82906   2.62077
N                    -0.4367   -0.14083   2.07048
Pd                    0.29575   0.73273  -0.06656
Pd                    0.26339  -1.72945   1.17984
C                     0.4108   -1.63586  -1.61074
C                     2.63594  -0.46825   0.7352
O                     0.82641  -0.43936  -1.522
O                     1.80998   0.6193    1.13944
O                    -0.37423  -2.25332  -0.5746
O                     2.16793  -1.61714   0.84863
C                     4.04929  -0.2361    0.1686
H                     4.75928  -0.24186   0.96904
H                     4.28796  -1.01509  -0.52569
H                     4.08248   0.7094   -0.33145
C                     0.75043  -2.45335  -2.87037
H                    -0.02998  -3.16208  -3.05559
H                     0.84083  -1.79514  -3.7092
H                     1.67491  -2.97123  -2.72204

  WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.
Pd 0                                                                           
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                 
?
Error termination via Lnk1e in /home/cau/g09/l101.exe at Fri Aug 17 20:20:27 2007.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  7.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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985小硕一枚
3楼2016-04-12 14:44:16
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hbl1877102

金虫 (小有名气)
报错输出文件如下，请各位帮忙分析

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Initial command:
/home/cau/g09/l1.exe /home/cau/g09/calculation/Gau-8002.inp -scrdir=/home/cau/g09/calculation/
Entering Link 1 = /home/cau/g09/l1.exe PID=      8003.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.02,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.02 11-Jun-2009
                17-Aug-2007
******************************************
%chk=1.chk
%mem=1000MW
%nprocshared=16
Will use up to   16 processors via shared memory.
-------------------------------------
#p opt b3lyp/genecp geom=connectivity
-------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-5,82=7/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link    1 at Fri Aug 17 20:20:26 2007, MaxMem= 1048576000 cpu:       2.2
(Enter /home/cau/g09/l101.exe)
------------
Pd(OAc)2+bpy
------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  2 Multiplicity = 1
C                    -1.53366   2.74597  -0.04433
C                     0.5182    3.55903  -0.8926
C                    -0.04406   4.8384   -1.04824
C                    -1.38675   5.05829  -0.68459
C                    -2.1455    3.99452  -0.17329
C                    -2.26293   1.45733   0.5103
C                    -1.99479  -0.85697   0.8974
C                    -3.32839  -0.94979   1.33096
C                    -4.13097   0.20715   1.36571
C                    -3.58999   1.43293   0.94637
H                     1.53731   3.37488  -1.16132
H                     0.54488   5.64109  -1.44089
H                    -1.8248    6.02811  -0.79708
H                    -3.16765   4.13613   0.11013
H                    -1.37146  -1.72581   0.86479
H                    -3.73113  -1.89401   1.63439
H                    -5.14333   0.1514    1.70704
H                    -4.18086   2.32522   0.95696
C                    -1.12414  -0.50187   3.17151
C                    -0.27261   1.1284    1.68903
C                    -0.88542   2.14552   2.44227
C                    -1.6499    1.80795   3.57577
C                    -1.77006   0.46055   3.94916
C                    -1.11985  -2.04833   3.49989
C                    -0.35088  -4.15368   2.74811
C                    -0.95916  -4.77896   3.85095
C                    -1.66496  -4.00254   4.79022
C                    -1.74687  -2.61286   4.6131
H                     0.3117    1.36696   0.82447
H                    -0.77308   3.17028   2.15547
H                    -2.13328   2.57159   4.14732
H                    -2.34016   0.17813   4.80953
H                     0.18779  -4.72863   2.02438
H                    -0.88656  -5.83867   3.97555
H                    -2.13433  -4.46804   5.6321
H                    -2.27675  -2.00135   5.31338
N                    -1.51861   0.33529   0.53036
N                    -0.2428    2.57824  -0.40114
N                    -0.45815  -2.82906   2.62077
N                    -0.4367   -0.14083   2.07048
Pd                    0.29575   0.73273  -0.06656
Pd                    0.26339  -1.72945   1.17984
C                     0.4108   -1.63586  -1.61074
C                     2.63594  -0.46825   0.7352
O                     0.82641  -0.43936  -1.522
O                     1.80998   0.6193    1.13944
O                    -0.37423  -2.25332  -0.5746
O                     2.16793  -1.61714   0.84863
C                     4.04929  -0.2361    0.1686
H                     4.75928  -0.24186   0.96904
H                     4.28796  -1.01509  -0.52569
H                     4.08248   0.7094   -0.33145
C                     0.75043  -2.45335  -2.87037
H                    -0.02998  -3.16208  -3.05559
H                     0.84083  -1.79514  -3.7092
H                     1.67491  -2.97123  -2.72204

  WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.
Pd 0                                                                           
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                 
?
Error termination via Lnk1e in /home/cau/g09/l101.exe at Fri Aug 17 20:20:27 2007.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  7.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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985小硕一枚
4楼2016-04-12 14:44:45
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Woodeninsect

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hbl1877102: 金币+5 2016-04-14 10:12:22
把geom=connectivity去掉应该就好了，因为你的输入后面没有那些原子的连接关系
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5楼2016-04-12 21:50:06
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hbl1877102

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Woodeninsect at 2016-04-12 21:50:06
把geom=connectivity去掉应该就好了，因为你的输入后面没有那些原子的连接关系

谢谢，我去试试
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985小硕一枚
6楼2016-04-13 09:46:07
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xytk04

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Woodeninsect at 2016-04-12 21:50:06
把geom=connectivity去掉应该就好了，因为你的输入后面没有那些原子的连接关系

正解

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-04-13 11:07:05
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
你输出文件不是你输入文件得出来的吧

发自小木虫IOS客户端
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8楼2016-04-15 13:53:54
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
chk文件命名都不一样

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-04-15 13:54:21
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional
去掉 geometry=connectivity
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独立之精神自由之思想
10楼2017-11-22 21:46:28
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