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yubb

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组数据分析 已有1人参与

同一物种 不同产地的两个样本 转录组测序的拼接结果一样吗 有木有求相关文献 很急 谢谢大家帮忙 新手 金币不够 只能悬赏那么多了

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1楼 2016-04-01 00:55:32
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yubb

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by elric at 2016-04-01 21:11:29
你做的样品有没有genome sequenced作为模板拼接啊，还是你需要自己de novo拼接contig，我做线虫的，可能和你情况不一样。有很多软件来计算的你可以试下Galaxyhttps://usegalaxy.org/...

我这个还没有全基因组数据 靠自己拼接 麻烦问您一下 怎样葱差异性表达基因中找出一类化合物相关的基因来呢

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6楼2016-04-05 08:56:59
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elric

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yubb: 金币+3, ★有帮助 2016-04-05 09:06:37
两个样本，转录组怎么会一样呢，肯定有差异表达啊
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2楼2016-04-01 02:34:44
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yubb

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by elric at 2016-04-01 02:34:44
两个样本，转录组怎么会一样呢，肯定有差异表达啊

拼接结果的Contig和unigene的条数 长度都不一样吗

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3楼2016-04-01 08:33:27
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elric

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yubb at 2016-04-01 08:33:27
拼接结果的Contig和unigene的条数 长度都不一样吗
...

你做的样品有没有genome sequenced作为模板拼接啊，还是你需要自己de novo拼接contig，我做线虫的，可能和你情况不一样。有很多软件来计算的你可以试下Galaxyhttps://usegalaxy.org/
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4楼2016-04-01 21:11:29
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