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919547443

金虫 (小有名气)

[求助] 求问,OTU 数目和物种丰度有什么关系? 已有1人参与

委托公司测得微生物,结果看不太懂。下面是给的注释。请问红色的是代表物种丰度比较大了,蓝色次之?可是otu的数目是蓝色的比红色的要多,到底是怎么看的?

根据物种注释结果,选取每个样品在各分类水平(Phylum、 Class、 Order、 Family、 Genus)上最大丰度排名前10的物种,生成物种相对丰度柱形累加图,以便直观查看各样品在不同分类水平上,相对丰度较高的物种及其比例。以门水平物种相对丰度柱形图为例展示如下

求问,OTU 数目和物种丰度有什么关系?
5S(2XZS5F)N`3X[O[@O54M1.png@天使托
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sunshine叮叮

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

top10是说该门在样品中所占的比例额,OTU是操作基本单元,有可能注释不出来,有可能和其他OTU是同一个物种,所以OTU多并不是物种丰度就大!
4楼2018-04-17 09:48:05
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三点水木

新虫 (初入文坛)

纵坐标为不同菌占样品的百分比,不同颜色代表不同菌。表示不同样品菌群结构不同及一些菌的含量。

发自小木虫Android客户端
2楼2016-04-22 02:05:16
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木木ZZZJ

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 919547443 at 2016-03-31 15:32:26
委托公司测得微生物,结果看不太懂。下面是给的注释。请问红色的是代表物种丰度比较大了,蓝色次之?可是otu的数目是蓝色的比红色的要多,到底是怎么看的?

根据物种注释结果,选取每个样品在各分类水平(Phylum ...

请问,这个图您搞懂了没有?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-10-31 09:48:37
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安凉o

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sunshine叮叮 at 2018-04-17 09:48:05
top10是说该门在样品中所占的比例额,OTU是操作基本单元,有可能注释不出来,有可能和其他OTU是同一个物种,所以OTU多并不是物种丰度就大!

那这个丰度是基于什么确定的哎

发自小木虫IOS客户端
5楼2020-10-22 08:41:23
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