24小时热门版块排行榜

返回列表

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 73 (初中生)
金币: 6211.9
散金: 141
红花: 33
帖子: 1540
在线: 699.5小时
虫号: 1544094
注册: 2011-12-20
性别: MM
专业: 理论和计算化学

[求助] 求一个MS7.0 Forcite模块往集群（redhat）提交作业的pbs脚本

我需要往集群上提交Forcite作业（MS7.0），提交作业时遇到两种情况
（1）从网上搜的pbs脚本里虽然指定了队列（big队列），但是提交的作业都挤到第一个计算节点（small队列）。这时是可以并行的，但是由于都挤到一起了，CPU占用率低。
（2）如果我在脚本里加上mpirun，作业不并行。

两种情况下的脚本如下：
（1）全部作业挤到第一个节点的pbs脚本如下：
#!/bin/sh
###################
#PBS -N 2p5
#PBS -l nodes=2:ppn=10
#PBS -q big
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
###################
source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack

cd $PBS_O_WORKDIR
/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh -np 10 2p5

rm -f *.pid
exit 0

（2）在RunMatScript.sh的前面加上mpirun，作业不并行的pbs脚本如下：
#!/bin/sh
###################
#PBS -N 2p5
#PBS -l nodes=2:ppn=10
#PBS -q big
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
###################
source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`
/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 20 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh 2p5

rm -f *.pid
exit 0

请各位大侠只招。先谢谢了。

回复此楼